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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dpn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of cpaf s499a mutant | ||||||
要素 | Protein CT_858 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / cpaf / s499a / zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine-type peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / シグナル伝達 / タンパク質分解 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Chai, J. / Huang, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2008 タイトル: Structural basis for activation and inhibition of the secreted chlamydia protease CPAF 著者: Huang, Z. / Feng, Y. / Chen, D. / Wu, X. / Huang, S. / Wang, X. / Xiao, X. / Li, W. / Huang, N. / Gu, L. / Zhong, G. / Chai, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dpn.cif.gz | 201.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dpn.ent.gz | 162.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dpn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dpn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65378.832 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-601 / 変異: S499A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: O84866 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 3.9M NaNO3, 0.5M NaCl, 0.08M KCl, 0.1M Bis-Tris propane (BTP), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→99 Å / Num. obs: 39050 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3DOR 解像度: 3.3→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | Bsol: 43.375 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 197.76 Å2 / Biso mean: 106.88 Å2 / Biso min: 19.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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