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Yorodumi- PDB-5dwk: Diacylglycerol Kinase solved by multi crystal multi orientation n... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dwk | ||||||
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Title | Diacylglycerol Kinase solved by multi crystal multi orientation native SAD | ||||||
Components | Diacylglycerol kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / native SAD / DAGK / multi crystal / multi orientation | ||||||
Function / homology | Function and homology information diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / phosphorylation / ATP binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.601 Å | ||||||
Authors | Weinert, T. / Olieric, V. / Finke, A.D. / Li, D. / Caffrey, M. / Wang, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2016 Title: Data-collection strategy for challenging native SAD phasing. Authors: Olieric, V. / Weinert, T. / Finke, A.D. / Anders, C. / Li, D. / Olieric, N. / Borca, C.N. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Jinek, M. / Wang, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dwk.cif.gz | 238.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dwk.ent.gz | 195 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dwk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 14204.451 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 2-122 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: dgkA, b4042, JW4002 / Plasmid: PTRCHISB_DGKA_DELTA7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Wh1061 / References: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP) |
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-Non-polymers , 7 types, 53 molecules
#2: Chemical | ChemComp-78N / ( #3: Chemical | ChemComp-78M / ( #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Chemical | ChemComp-CIT / | #7: Chemical | ChemComp-ACT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5.6 Details: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 ...Details: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS WITH THE 7.8 MONOACYLGLYCEROL (7.8 MAG) AS THE HOSTING LIPID. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 2.0664 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 2.0664 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 58770 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 142.9 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Net I/σ(I): 36.46 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Redundancy: 55.85 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / % possible all: 96.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.601→45.785 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / Phase error: 23.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.601→45.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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