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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dtu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the RNA-helicase Prp28 from Chaetomium thermophilum bound to ADP | ||||||
要素 | Prp28 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DEAD-box Protein / ATPase (ATPアーゼ) / RNA-helicase / DDX23 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.199 Å | ||||||
データ登録者 | Tauchert, M.J. / Ficner, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016 タイトル: Structural analysis of the spliceosomal RNA helicase Prp28 from the thermophilic eukaryote Chaetomium thermophilum. 著者: Tauchert, M.J. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dtu.cif.gz | 174.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dtu.ent.gz | 136.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dtu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4nhoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52963.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 238-709 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0054430 / プラスミド: pPSG-IBA25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SBQ7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200 mM NaCl, 20 % (w/v) PEG 4000, 100 mM Tris pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.199→45.7734 Å / Num. obs: 8454 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.58 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 9.17 |
反射 シェル | 解像度: 3.199→3.299 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. measured obs: 2660 / Num. unique all: 723 / % possible all: 85.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4nho 解像度: 3.199→45.7734 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.199→45.7734 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -36.7276 Å / Origin y: 20.4106 Å / Origin z: 15.8747 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |