+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dro | |||||||||
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Title | Structure of the Aquifex aeolicus LpxC/LPC-011 Complex | |||||||||
Components | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase | |||||||||
Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / LpxC / Inhibitor / Lipid A / Gram-negative bacteria / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.01 Å | |||||||||
Authors | Lee, C.-J. / Najeeb, J. / Zhou, P. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: Drug design from the cryptic inhibitor envelope. Authors: Lee, C.J. / Liang, X. / Wu, Q. / Najeeb, J. / Zhao, J. / Gopalaswamy, R. / Titecat, M. / Sebbane, F. / Lemaitre, N. / Toone, E.J. / Zhou, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dro.cif.gz | 241.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dro.ent.gz | 192 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dro.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5dro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5dro | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5drpC 5drqC 5drrC 3p3cS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 31314.865 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C181A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (strain VF5) (bacteria) Strain: VF5 / Gene: lpxC, envA, aq_1772 / Plasmid: PET21B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: O67648, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
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-Non-polymers , 5 types, 407 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.05 M ammonium acetate 10% PEG3350 / PH range: 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Apr 27, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→67.94 Å / Num. obs: 37995 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 16.51 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 21.63 / Num. measured all: 545255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3P3C Resolution: 2.01→67.935 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / Phase error: 17.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.8 Å2 / Biso mean: 21.8362 Å2 / Biso min: 6.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→67.935 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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