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- PDB-5dq6: Mus musculus A20 OTU domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dq6
タイトルMus musculus A20 OTU domain
要素Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / A20 OTU
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of granuloma formation / positive regulation of protein catabolic process => GO:0045732 / protein K33-linked deubiquitination / protein K29-linked deubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of CD40 signaling pathway ...negative regulation of granuloma formation / positive regulation of protein catabolic process => GO:0045732 / protein K33-linked deubiquitination / protein K29-linked deubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of CD40 signaling pathway / protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of B cell activation / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / marginal zone B cell differentiation / : / Regulation of TNFR1 signaling / protein K11-linked deubiquitination / Ovarian tumor domain proteases / negative regulation of chronic inflammatory response / : / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / regulation of germinal center formation / protein K48-linked deubiquitination / B-1 B cell homeostasis / NOD1/2 Signaling Pathway / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of hepatocyte proliferation / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of interleukin-2 production / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of innate immune response / protein deubiquitination / negative regulation of interleukin-6 production / response to muramyl dipeptide / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of protein ubiquitination / cytoskeleton organization / negative regulation of innate immune response / negative regulation of autophagy / ubiquitin binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / response to molecule of bacterial origin / cellular response to hydrogen peroxide / kinase binding / response to wounding / negative regulation of inflammatory response / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / : / 遊走 / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / リソソーム / 炎症 / apoptotic process / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
A20 peptidase / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mus musculus A20 OTU domain
著者: Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2832
ポリマ－84,2832
非ポリマー00
水46826
1
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1411
ポリマ－42,1411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1411
ポリマ－42,1411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.340, 71.340, 143.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3 / TNF alpha-induced protein 3 / Putative DNA-binding protein A20 / Zinc finger protein A20


分子量: 42141.414 Da / 分子数: 2 / 断片: OTU domain (UNP residues 1-360) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfaip3, Tnfip3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q60769, ubiquitinyl hydrolase 1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4 M NaCl, 0.1 M MES / PH範囲: 6-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→37.77 Å / Num. obs: 19279 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06639 / Net I/σ(I): 11.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZJF

3zjf


解像度: 2.8→37.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.65 / 位相誤差: 40.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2905 1077 5.59 %
Rwork0.2527 --
obs0.2555 19279 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5511 0 0 26 5537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4347607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1952144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007965
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8006-2.92750.32451270.32012325X-RAY DIFFRACTION93
2.9275-3.08110.38681260.32322321X-RAY DIFFRACTION93
3.0811-3.2730.32021580.30122264X-RAY DIFFRACTION91
3.273-3.52390.39171500.31592248X-RAY DIFFRACTION90
3.5239-3.87510.34981380.30542273X-RAY DIFFRACTION91
3.8751-4.42820.27691380.26162233X-RAY DIFFRACTION89
4.4282-5.55030.2971370.23242217X-RAY DIFFRACTION89
5.5503-17.69850.21991030.19622242X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39620.08960.50578.2506-3.85376.47040.2224-0.3816-0.3645-0.1561-0.0017-1.3411-0.81071.69490.33050.3044-0.3068-0.16781.75650.30940.8102-5.8715-9.1361-14.272
24.2386-0.21590.20489.472-1.5576.32760.13260.1988-0.28040.6868-1.23540.8396-0.18991.81020.46790.50130.0472-0.03240.81380.2050.7094-13.8019-15.0354-8.3584
35.43615.5412-1.95327.0123-2.27869.02060.1420.7576-0.1779-0.4372-0.98910.97690.0662-0.09420.7181.06970.4381-0.36360.7711-0.11811.007-18.4322-33.5523-12.3534
49.1578-1.2034-0.89566.6166-2.04976.95720.6485-0.5457-0.93051.0053-1.5142-0.5388-0.79511.7260.78440.8929-0.118-0.1511.18440.35570.7668-12.5397-20.50630.2763
5-0.34310.09480.46752.10210.50111.35390.3381-0.4052-0.13671.2053-0.6987-0.7356-0.28890.45860.53431.072-0.2349-0.19461.55470.41551.0965-5.3612-21.15675.7466
65.08863.0856-0.37114.4979-0.41522.1240.547-1.47040.74741.8984-1.8880.11870.1780.33190.45761.7542-0.4832-0.70061.40130.20520.724-7.469110.0856-12.127
77.6069-2.6166-2.02046.21940.40815.95310.0960.6565-0.96470.3637-0.59791.26340.5554-0.77270.47270.8651-0.12890.25370.7226-0.10570.860713.78953.049711.9352
86.3374-1.6414-2.00723.5581.40071.2618-1.4456-1.571-0.72731.09980.5502-0.66131.37721.07280.40681.82510.25630.30161.1929-0.23930.694236.157-7.800115.2524
99.9334-2.6-0.28535.58830.70064.9477-0.19310.8317-0.04130.3106-0.27950.04130.6019-0.70230.52541.0406-0.2250.13450.6739-0.13690.625722.8124-0.25394.1701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 202 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 203 through 285 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 286 through 341 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 342 through 359 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 120 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 121 through 145 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 146 through 357 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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