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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dl6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acinetobacter baumannii OccAB2 | ||||||
要素 | Putative porin for vanillate trafficking (VanP) | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel / antibiotic uptake Acinetobacter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zahn, M. / Basle, A. / van den Berg, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Structural Insights into Outer Membrane Permeability of Acinetobacter baumannii. 著者: Zahn, M. / Bhamidimarri, S.P. / Basle, A. / Winterhalter, M. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dl6.cif.gz | 169.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dl6.ent.gz | 136.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dl6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dl6_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dl6_full_validation.pdf.gz | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5dl6_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dl6_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dl6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47026.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E4HLL9, UniProt: A0A5P9QVH7*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22% PEG 400 0.2 M calcium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→55.32 Å / Num. obs: 15640 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SYS 解像度: 2.9→55.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 45.275 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.845 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.913 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→55.32 Å
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拘束条件 |
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