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- PDB-3jty: Crystal structure of a BenF-like porin from Pseudomonas fluoresce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jty
タイトルCrystal structure of a BenF-like porin from Pseudomonas fluorescens Pf-5
要素BenF-like porin
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PFL_1329 / BenF-like porin / Pseudomonas fluorescens Pf-5 / BENZOATE TRANSPORTER / EFFLUX PUMP / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / ポリン (タンパク質) / Porin domain superfamily / ポリン (タンパク質) / membrane => GO:0016020 / Βバレル / Mainly Beta / Outer membrane porin, OprD family
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens Pf-5 (Pseudomonas protegens)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Lu, F. / Zhao, X. / Wasserman, S. / Iuzuka, M. / Bain, K. / Rutter, M. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Luz, J. ...Sampathkumar, P. / Lu, F. / Zhao, X. / Wasserman, S. / Iuzuka, M. / Bain, K. / Rutter, M. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Luz, J. / Gilmore, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of a putative BenF-like porin from Pseudomonas fluorescens Pf-5 at 2.6 A resolution.
著者: Sampathkumar, P. / Lu, F. / Zhao, X. / Li, Z. / Gilmore, J. / Bain, K. / Rutter, M.E. / Gheyi, T. / Schwinn, K.D. / Bonanno, J.B. / Pieper, U. / Fajardo, J.E. / Fiser, A. / Almo, S.C. / ...著者: Sampathkumar, P. / Lu, F. / Zhao, X. / Li, Z. / Gilmore, J. / Bain, K. / Rutter, M.E. / Gheyi, T. / Schwinn, K.D. / Bonanno, J.B. / Pieper, U. / Fajardo, J.E. / Fiser, A. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / Chance, M.R. / Baker, D. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S.R. / Sali, A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K.
履歴
登録2009年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BenF-like porin
B: BenF-like porin
C: BenF-like porin
D: BenF-like porin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,4176
ポリマ－178,9584
非ポリマー4592
水45025
1
A: BenF-like porin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9692
ポリマ－44,7401
非ポリマー2291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BenF-like porin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7401
ポリマ－44,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BenF-like porin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7401
ポリマ－44,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BenF-like porin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9692
ポリマ－44,7401
非ポリマー2291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.103, 210.624, 84.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 32 - 419 / Label seq-ID: 6 - 393

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
BenF-like porin


分子量: 44739.523 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 30 -420 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens Pf-5 (Pseudomonas protegens)
株: Pf-5 / ATCC BAA-477 / 遺伝子: PFL_1329, PFL_1329; Q4KH25_PSEF5 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: Q4KH25
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Citric acid, 21% PEG 3350, 10% w/v ANAPOE-X-114 from the detergent screen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→53.68 Å / Num. obs: 67053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 42.14 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 9774 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.76 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.58 Å35.1 Å
Translation2.58 Å35.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly-Alanine model of the PDB code 2QTK

2qtk


解像度: 2.58→35.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.777 / SU B: 11.28 / SU ML: 0.253 / SU R Cruickshank DPI: 0.499 / SU Rfree: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.312
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; NCS restraints used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 3390 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 66977 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.14 Å2 / Biso mean: 41.96 Å2 / Biso min: 19.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→35.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11859 0 32 25 11916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02112158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.93316435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95319754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2251532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06424.132593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.559151897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0131574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.27863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.25276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.26888
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.57819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1621.53207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26211935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55135163
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2024.54500
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4935 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.40.5
BMEDIUM POSITIONAL0.380.5
CMEDIUM POSITIONAL0.370.5
DMEDIUM POSITIONAL0.370.5
AMEDIUM THERMAL0.622
BMEDIUM THERMAL0.62
CMEDIUM THERMAL0.592
DMEDIUM THERMAL0.632
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 226 -
Rwork0.277 4677 -
all-4903 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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