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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5djo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CC1-FHA tandem of Kinesin-3 KIF13A | ||||||
要素 | Kinesin-like protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / coiled-coil (コイルドコイル) / FHA domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule motor activity => GO:0003777 / vesicle cargo loading / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / Golgi to plasma membrane protein transport / melanosome organization / microtubule motor activity / kinesin complex / endosome to lysosome transport / microtubule-based movement / trans-Golgi network membrane ...microtubule motor activity => GO:0003777 / vesicle cargo loading / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / Golgi to plasma membrane protein transport / melanosome organization / microtubule motor activity / kinesin complex / endosome to lysosome transport / microtubule-based movement / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / intracellular protein transport / midbody / microtubule binding / 微小管 / endosome membrane / 細胞周期 / 細胞分裂 / 中心体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J.Q. / Li, W. / Huo, L. / Feng, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Structural Correlation of the Neck Coil with the Coiled-coil (CC1)-Forkhead-associated (FHA) Tandem for Active Kinesin-3 KIF13A 著者: Ren, J. / Huo, L. / Wang, W. / Zhang, Y. / Li, W. / Lou, J. / Xu, T. / Feng, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5djo.cif.gz | 149.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5djo.ent.gz | 117.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5djo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5djo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5djo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19807.498 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 386-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif13a / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8VQ75, UniProt: Q9EQW7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-ACY / | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 16% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→49.55 Å / Num. obs: 33409 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FM8 解像度: 1.74→40.488 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.77 Å2 / Biso mean: 38.5082 Å2 / Biso min: 14.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→40.488 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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