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- PDB-5djb: Structure of the Haliangium ochraceum BMC-H shell protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5djb
タイトルStructure of the Haliangium ochraceum BMC-H shell protein
要素Microcompartments proteinBacterial microcompartment
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacterial Microcompartments
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment protein homohexamer
類似検索 - 構成要素
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Sutter, M. / Kerfeld, C.A.
引用ジャーナル: Nano Lett. / 年: 2016
タイトル: Visualization of Bacterial Microcompartment Facet Assembly Using High-Speed Atomic Force Microscopy.
著者: Sutter, M. / Faulkner, M. / Aussignargues, C. / Paasch, B.C. / Barrett, S. / Kerfeld, C.A. / Liu, L.N.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein
C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein
G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0148
ポリマ－81,0148
非ポリマー00
水17,853991
1
A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein

A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein

A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7606
ポリマ－60,7606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-y+3,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_785-x+y+2,-x+3,z1
Buried area11020 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area23400 Å2
手法PISA
2
C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein

C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein

C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7606
ポリマ－60,7606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
3
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein

E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein

E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7606
ポリマ－60,7606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area10820 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
4
G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein

G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein

G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7606
ポリマ－60,7606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-y+3,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_785-x+y+2,-x+3,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
5
A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein

A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein

A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein

G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein

G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein

G: Microcompartments protein
H: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,52112
ポリマ－121,52112
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-y+3,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_785-x+y+2,-x+3,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_866-y+3,x-y+1,z+11
crystal symmetry operation3_786-x+y+2,-x+3,z+11
Buried area29490 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area36680 Å2
手法PISA
6
C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein

C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein

C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,52112
ポリマ－121,52112
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area28300 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area37480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.200, 69.200, 120.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-205-

HOH

21D-187-

HOH

31D-196-

HOH

41E-196-

HOH

51E-219-

HOH

61F-208-

HOH

71G-193-

HOH

81H-240-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Microcompartments protein / Bacterial microcompartment


分子量: 10126.718 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_5815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LID5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1 M ammonium tartrate, pH 6.5, 4% (v/v) formamide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 1.798→33.35 Å / Num. obs: 118444 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I6P

3i6p


解像度: 1.798→33.35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2024 3.42 %Random selection
Rwork0.1704 ---
obs0.1757 118444 98.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→33.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5452 0 0 991 6443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7267474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2431988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003985
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8007-1.83180.31731800.28535235X-RAY DIFFRACTION87
1.8318-1.86510.29052070.2655749X-RAY DIFFRACTION96
1.8651-1.9010.32241950.24745686X-RAY DIFFRACTION96
1.901-1.93980.30242030.24555744X-RAY DIFFRACTION96
1.9398-1.98190.26892000.21595731X-RAY DIFFRACTION96
1.9819-2.0280.23381960.21035785X-RAY DIFFRACTION96
2.028-2.07870.20351900.20855690X-RAY DIFFRACTION96
2.0787-2.13490.19542080.19675725X-RAY DIFFRACTION96
2.1349-2.19770.20591860.19075738X-RAY DIFFRACTION96
2.1977-2.26860.24531940.19145775X-RAY DIFFRACTION96
2.2686-2.34970.2231990.17985797X-RAY DIFFRACTION96
2.3497-2.44370.19512000.17325746X-RAY DIFFRACTION96
2.4437-2.55490.20022160.16465741X-RAY DIFFRACTION96
2.5549-2.68950.19442080.16495737X-RAY DIFFRACTION96
2.6895-2.85790.20162060.15865738X-RAY DIFFRACTION96
2.8579-3.07840.18442020.15495721X-RAY DIFFRACTION96
3.0784-3.38780.18751990.14875766X-RAY DIFFRACTION96
3.3878-3.87710.17412310.14915697X-RAY DIFFRACTION96
3.8771-4.88140.14612040.11945780X-RAY DIFFRACTION96
4.8814-30.10870.26421980.17595784X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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