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Yorodumi- PDB-4fdz: EutL from Clostridium perfringens, Crystallized Under Reducing Co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fdz | ||||||
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Title | EutL from Clostridium perfringens, Crystallized Under Reducing Conditions | ||||||
Components | Ethanolamine utilization protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / bacterial microcompartment / Eut / BMC shell protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information bacterial microcompartment / cobalamin binding / structural molecule activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium perfringens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.802 Å | ||||||
Authors | Thompson, M.C. / Cascio, D. / Crowley, C.S. / Kopstein, J.S. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2015 Title: An allosteric model for control of pore opening by substrate binding in the EutL microcompartment shell protein. Authors: Thompson, M.C. / Cascio, D. / Leibly, D.J. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fdz.cif.gz | 374.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fdz.ent.gz | 315 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fdz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ediSC 4tm6C 4tmeC 4fe0 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23716.703 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium perfringens (bacteria) / Gene: CPE0900, eutL / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Rosetta / References: UniProt: Q8XLZ0 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1M HEPES buffer, 5% PEG 8000, 8% ethylene glycol, 5mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→19.824 Å / Num. obs: 91132 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.67 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.42 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EDI Resolution: 1.802→19.824 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 15.03 / Stereochemistry target values: ML Details: REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH EXPLICIT HYDROGENS AS DEFINED BY THE RIDING MODEL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.198 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.72 Å2 / Biso mean: 22.8876 Å2 / Biso min: 8.27 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.802→19.824 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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