PDB-5dgg: Central domain of uncharacterized Lpg1148 protein from Legionella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dgg

タイトル

Central domain of uncharacterized Lpg1148 protein from Legionella pneumophila

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Legionella pneumophila / structural genomics / APC105518 / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology

機能・相同性

Legionella ubiquitin-specific protease A domain / Legionella ubiquitin-specific protease A domain / membrane => GO:0016020 / LupA domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Yim, V. / Joachimiak, A. / Ensminger, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol. Syst. Biol. / 年: 2016
タイトル: Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila.
著者: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. ...

履歴

登録	2015年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dgg.cif.gz	156.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dgg.ent.gz	123 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dgg_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dgg_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	5dgg_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	5dgg_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hfvC 4rxiC 4rxvC 4xa9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ddy-d 5xie-2 2a48-d 3eu4-d 3gha-d 5xhl-1 1alu-d 6daf-2 1fpz-6 3gh9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105518

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.085, 56.564, 121.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 21222.781 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 212-310 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1148 / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZWD7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2 M ammonium sulfate, 4% sucrose, 0.01 M magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月9日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 26237 / Num. obs: 26237 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.018 / Net I/av σ(I): 25.23 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 145864

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	4.9	0.743	2.1	1295	0.742	0.372	0.834	0.807	99.3
1.96-2	5.2	0.657		1248	0.783	0.318	0.731	0.846	100
2-2.04	5.2	0.603		1308	0.825	0.29	0.671	0.868	100
2.04-2.08	5.3	0.523		1290	0.884	0.248	0.58	0.873	100
2.08-2.12	5.4	0.421		1280	0.907	0.198	0.466	0.921	100
2.12-2.17	5.5	0.394		1295	0.926	0.185	0.436	0.927	100
2.17-2.23	5.6	0.318		1286	0.957	0.147	0.351	0.974	100
2.23-2.29	5.7	0.303		1293	0.965	0.138	0.333	0.957	100
2.29-2.36	5.8	0.26		1312	0.975	0.117	0.286	0.957	100
2.36-2.43	5.9	0.216		1286	0.984	0.096	0.237	0.916	100
2.43-2.52	5.8	0.19		1296	0.988	0.085	0.209	0.953	100
2.52-2.62	5.9	0.168		1307	0.991	0.075	0.185	0.916	100
2.62-2.74	5.8	0.125		1315	0.992	0.056	0.138	0.951	100
2.74-2.88	5.8	0.096		1312	0.995	0.043	0.106	1.021	100
2.88-3.06	5.8	0.076		1313	0.996	0.034	0.083	1.063	100
3.06-3.3	5.8	0.064		1320	0.997	0.029	0.07	1.197	100
3.3-3.63	5.7	0.06		1323	0.996	0.028	0.067	1.344	100
3.63-4.16	5.6	0.056		1347	0.997	0.026	0.062	1.365	100
4.16-5.24	5.5	0.04		1356	0.999	0.018	0.044	1.31	100
5.24-50	5.2	0.029		1455	0.999	0.014	0.032	1.075	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.93→38.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 7.775 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2181	1327	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1755	-	-	-
obs	0.1777	24854	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.54 Å² / B_iso mean: 38.57 Å² / B_iso min: 18.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→38.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2767	0	3	151	2921
B_iso mean	-	-	35.22	42.42	-
残基数	-	-	-	-	352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.969	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	6309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.496	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.502	24.681	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.579	15	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.079	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.06	2.564	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.058	2.563	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.059	3.822	1787

LS精密化シェル

解像度: 1.929→1.979 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	76	-
R_work	0.256	1694	-
all	-	1770	-
obs	-	-	92.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9812	0.1948	0.3154	0.5741	0.2535	1.1986	-0.0597	0.0901	-0.176	0.1151	0.1048	0.0605	-0.0314	0.1702	-0.0452	0.0542	0.0124	0.0037	0.0971	-0.0156	0.0538	-5.237	-12.4064	13.1358
2	0.9495	0.0866	-0.0094	1.992	-0.1114	1.0598	-0.0281	-0.116	0.0794	-0.1092	0.2165	0.2819	0.0311	0.0352	-0.1884	0.0637	-0.0173	-0.0213	0.0593	0.0347	0.1	-20.2547	15.9945	15.6286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	123 - 304
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	123 - 306

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