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Yorodumi- PDB-5cih: Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191Y) with iso-1 cytoc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cih | |||||||||
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Title | Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191Y) with iso-1 cytochrome c | |||||||||
Components |
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Keywords | ELECTRON TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / electron transfer / heme proteins / electron hopping / multi-step tunneling / photochemistry / ELECTRON TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Pyroptosis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to reactive oxygen species ...Pyroptosis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Crane, B.R. / Payne, T.M. | |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2016 Title: Constraints on the Radical Cation Center of Cytochrome c Peroxidase for Electron Transfer from Cytochrome c. Authors: Payne, T.M. / Yee, E.F. / Dzikovski, B. / Crane, B.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cih.cif.gz | 333.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cih.ent.gz | 283.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cih.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/5cih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/5cih | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5cibC 5cicC 5cidC 5cieC 5cifC 5cigC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33502.223 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 68-361 / Mutation: T53I, D152G, W191Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / Plasmid: ppSUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase #2: Protein | Mass: 11496.186 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CYC1, YJR048W, J1653 / Plasmid: PBTR-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P00044 #3: Chemical | ChemComp-HEC / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3350 15-15%, 100 mM NaAcetate, 175 mM NaCl / PH range: 4.8-5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9778 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: May 15, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.33→50 Å / Num. obs: 28703 / % possible obs: 76.2 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.152 / Net I/av σ(I): 7.638 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 88500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.6→35.359 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 35.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 324.15 Å2 / Biso mean: 70.5858 Å2 / Biso min: 13.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→35.359 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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