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- PDB-5cib: Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191G) bound to 2,4-dim... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cib | |||||||||
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Title | Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191G) bound to 2,4-dimethylaniline with iso-1 cytochrome c | |||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() Release of apoptotic factors from the mitochondria / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Crane, B.R. / Payne, T.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Constraints on the Radical Cation Center of Cytochrome c Peroxidase for Electron Transfer from Cytochrome c. Authors: Payne, T.M. / Yee, E.F. / Dzikovski, B. / Crane, B.R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 331.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 283.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cicC ![]() 5cidC ![]() 5cieC ![]() 5cifC ![]() 5cigC ![]() 5cihC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 33396.102 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: cytochrome c peroxidase / Mutation: W191G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / Plasmid: ppSUMO / Production host: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 12073.835 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: iso-1 cytochrome c Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CYC1, YJR048W, J1653 / Plasmid: PBTR-1 / Production host: ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-HEC / ![]() #4: Chemical | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.66 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3350 15-15%, 100 mM NaAcetate, 175 mM NaCl / PH range: 4.8-5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 23, 2010 / Details: Rh coated Si mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 15317 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 8.4 % / Net I/σ(I): 17.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.42 Å2 / Biso mean: 60.1002 Å2 / Biso min: 32.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.011→39.298 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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