[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5cdr: 2.65 structure of S.aureus DNA gyrase and artificially nicked DNA -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cdr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 2.65 structure of S.aureus DNA gyrase and artificially nicked DNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin. Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, ...Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide. Authors: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 566.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 460.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cdmC ![]() 5cdnC ![]() 5cdoC ![]() 5cdpC ![]() 5cdqC ![]() 2xcsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | ![]() Mass: 54738.453 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y123F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: N315 / Gene: gyrA, SA0006 / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 21345.270 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: N315 / Gene: gyrB, SA0005 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 3 types, 3 molecules EGF
#3: DNA chain | Mass: 2451.630 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 3967.585 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#5: DNA chain | Mass: 6134.967 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 653 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.88 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: microbatch / Details: 150mM BisTris pH 6.2, 11% PEG 5000 MME. / PH range: 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 12, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→40 Å / Num. obs: 58268 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.025 / Net I/av σ(I): 13.521 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 189383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2XCS Resolution: 2.65→39.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9285 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9203 / SU R Cruickshank DPI: 0.609 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.615 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.257
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.21 Å2 / Biso mean: 49.38 Å2 / Biso min: 10.88 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→39.74 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|