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- PDB-5ccl: Crystal structure of SMYD3 with SAM and oxindole compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ccl
タイトルCrystal structure of SMYD3 with SAM and oxindole compound
要素Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Protein-inhibitor complex / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / epigenetics (エピジェネティクス) / drug discovery (創薬) / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines / nucleosome assembly / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / メチル化 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Annexin V; domain 1 - #160 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #970 / Helix Hairpins - #2220 / Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. ...Annexin V; domain 1 - #160 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #970 / Helix Hairpins - #2220 / Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Annexin V; domain 1 / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / Helix Hairpins / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Helix non-globular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Special / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4ZW / S-アデノシルメチオニン / Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Novel Oxindole Sulfonamides and Sulfamides: EPZ031686, the First Orally Bioavailable Small Molecule SMYD3 Inhibitor.
著者: Mitchell, L.H. / Boriack-Sjodin, P.A. / Smith, S. / Thomenius, M. / Rioux, N. / Munchhof, M. / Mills, J.E. / Klaus, C. / Totman, J. / Riera, T.V. / Raimondi, A. / Jacques, S.L. / West, K. / ...著者: Mitchell, L.H. / Boriack-Sjodin, P.A. / Smith, S. / Thomenius, M. / Rioux, N. / Munchhof, M. / Mills, J.E. / Klaus, C. / Totman, J. / Riera, T.V. / Raimondi, A. / Jacques, S.L. / West, K. / Foley, M. / Waters, N.J. / Kuntz, K.W. / Wigle, T.J. / Scott, M.P. / Copeland, R.A. / Smith, J.J. / Chesworth, R.
履歴
登録2015年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8498
ポリマ－49,6741
非ポリマー1,1757
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.594, 65.232, 105.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3 / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1


分子量: 49673.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H7B4, ヒストンメチルトランスフェラーゼ

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非ポリマー , 5種, 456分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-4ZW / 2-oxidanylidene-N-piperidin-4-yl-1,3-dihydroindole-5-carboxamide


分子量: 259.304 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.10 M Magnesium formate, 0.1M Tris 8.0, 14% w/v PEG 3350. Crystals of SMYD3-SAM were produced and compound was soaked into the pre-formed crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→55.55 Å / Num. obs: 62186 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.05 / Net I/av σ(I): 17.437 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 312049
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.554.90.22663990.9480.1110.2530.98398.6
1.55-1.624.90.17363960.9690.0850.1931.04698.3
1.62-1.694.90.14563470.9770.0710.1621.08697.8
1.69-1.7850.11163680.9860.0540.1241.12197.2
1.78-1.8950.09363050.9890.0450.1031.0496.6
1.89-2.045.10.07562760.9930.0360.0841.02195.9
2.04-2.245.10.06562310.9940.0310.0731.09594.8
2.24-2.565.20.07161790.9910.0340.0790.9693.5
2.56-3.235.20.08261180.9890.0390.0911.12691.7
3.23-5050.04855670.9960.0230.0531.01880.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.5→55.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.113 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1643 3081 5 %RANDOM
Rwork0.1134 ---
obs0.1159 59053 94.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.69 Å2 / Biso mean: 22.997 Å2 / Biso min: 8.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å2-0 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→55.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 73 449 3922
Biso mean--23.46 30.48 -
残基数----425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7322.0015146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9133.0018506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.115468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61423.873173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19615719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8651532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3671.951839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3671.951839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7872.9252318
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.32337496
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.573590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.64657760
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 215 -
Rwork0.115 4464 -
all-4679 -
obs--97.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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