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- PDB-5c69: Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F variant PR-DM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c69
タイトルCrystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F variant PR-DM
要素Fusion glycoprotein F0,Fibritin
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / class I viral fusion protein / fusion / respiratory syncytial virus (RSウイルス) / prefusion
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス)
Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Langedijk, J.P.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A highly stable prefusion RSV F vaccine derived from structural analysis of the fusion mechanism.
著者: Krarup, A. / Truan, D. / Furmanova-Hollenstein, P. / Bogaert, L. / Bouchier, P. / Bisschop, I.J. / Widjojoatmodjo, M.N. / Zahn, R. / Schuitemaker, H. / McLellan, J.S. / Langedijk, J.P.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,70715
ポリマ－54,4431
非ポリマー1,26414
水3,117173
1
A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,24490
ポリマ－326,6586
非ポリマー7,58684
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_444-y-1/4,-x-1/4,-z-1/41
crystal symmetry operation19_444-x-1/4,-z-1/4,-y-1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
Buried area46130 Å2
ΔGint-949 kcal/mol
Surface area95980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.820, 167.820, 167.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

CL

21A-843-

HOH

31A-865-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Fibritin / Protein F


分子量: 54443.020 Da / 分子数: 1 / 断片: F2 subunit, F1 subunit ectodomain / 変異: N67I, S215P, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)
株: A2 / 遺伝子: wac / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: Q38650
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.24M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792368 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792368 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.54 Å / Num. all: 36440 / Num. obs: 36440 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MMR

4mmr


解像度: 2.3→46.54 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 1834 5.04 %Random
Rwork0.1803 34550 --
obs0.1821 36384 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182.42 Å2 / Biso mean: 56.6179 Å2 / Biso min: 26.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 66 173 3689
Biso mean--106.12 48 -
残基数----447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8584839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8271309
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3004-2.36260.28761310.271126102741
2.3626-2.43210.27911150.248626182733
2.4321-2.51060.31161510.246325982749
2.5106-2.60040.25481400.235726012741
2.6004-2.70450.28381530.226826112764
2.7045-2.82750.25591550.220126112766
2.8275-2.97660.24391250.218826372762
2.9766-3.1630.27531320.197826492781
3.163-3.40720.24451500.184726282778
3.4072-3.74990.19011290.155826862815
3.7499-4.29220.16391550.147126822837
4.2922-5.40640.16981390.137427342873
5.4064-46.55440.20831590.175828853044
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8715.85875.49826.68265.25124.58940.1130.141-0.422-0.25320.1691-0.72350.08860.8015-0.39960.31610.09260.04190.36970.08510.463936.10540.006211.4558
28.38920.02792.77121.098-1.08742.8738-0.22351.19210.1791-0.24350.04620.01360.07570.42780.11020.3546-0.04520.05740.3518-0.07350.259912.95516.9513-14.213
31.7543-3.02080.9055.3284-1.60123.47760.562-0.2742-0.63630.7325-0.32160.5389-0.26980.2678-0.23671.1381-0.0041-0.35921.3920.05721.414-21.18896.7549-24.0065
42.063-0.296-0.530.24110.85333.1801-0.48450.78670.9137-0.7499-0.3276-1.3969-1.18310.42780.7840.8312-0.21470.0120.98210.02320.968-30.17-4.0693-22.856
58.39646.49955.24755.05734.07313.30740.1330.05270.84780.0824-0.30391.125-0.1619-0.47980.20270.466-0.0291-0.04410.4913-0.03650.608-16.19923.469-15.69
65.69483.065-3.25898.97561.60973.89570.78750.752-0.0749-1.0176-0.85742.0765-0.4663-0.4593-0.00971.18160.5395-0.2621.43740.05871.1180.845518.2729-6.9703
72.53021.7630.72522.95570.72852.2608-0.61471.00910.303-1.08060.51680.4703-0.39340.21160.08380.6137-0.0325-0.02620.59490.05820.3921-0.86668.7379-22.0988
83.02950.27721.46430.96160.25931.3426-0.02630.3813-0.1544-0.1690.0082-0.03470.14390.02030.02770.3001-0.03310.05680.2556-0.00440.249610.08112.9293-8.4546
91.05740.1871-0.06561.5431-0.87923.22740.0279-0.033-0.0510.1623-0.0283-0.3139-0.17590.3267-0.00670.24580.0125-0.00760.32050.02890.359530.78825.625815.9772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 42 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 62 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 67 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 68 through 73 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 98 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 99 through 103 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 137 through 216 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 217 through 331 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 332 through 506 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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