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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c00 | ||||||
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タイトル | MdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Corynebacterium diphtheriae | ||||||
要素 | MdbA proteinMurray–Darling Basin Authority | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MdbA / dip1880 / thiol-disulfide oxidoreductase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | ||||||
機能・相同性 | チオレドキシン / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / membrane => GO:0016020 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative exported protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | OSIPIUK, J. / REARDON-ROBINSON, M.E. / TON-THAT, H. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015 タイトル: A thiol-disulfide oxidoreductase of the Gram-positive pathogen Corynebacterium diphtheriae is essential for viability, pilus assembly, toxin production and virulence. 著者: Reardon-Robinson, M.E. / Osipiuk, J. / Jooya, N. / Chang, C. / Joachimiak, A. / Das, A. / Ton-That, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c00.cif.gz | 324.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c00.ent.gz | 275.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c00.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/5c00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/5c00 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22796.859 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 40-244 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌) 株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP1880 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NFK7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.05 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4.3 % w/v PEG 2000, 50 mM Tris pH 8.0, 28.6 % v/v PEG 550 MME, microseeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 65737 / Num. obs: 65737 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 2.007 / Net I/av σ(I): 29.901 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 318208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.996 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.53 Å2 / Biso mean: 33.462 Å2 / Biso min: 14.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.769→1.815 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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