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- PDB-5bqs: S. Pneumoniae Fabh with small molecule inhibitor 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bqs
タイトルS. Pneumoniae Fabh with small molecule inhibitor 4
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Fabh / Fatty acid synthesis (脂肪酸の合成) / anti-bacterials / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4VN / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / McKinney, D.C.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: Antibacterial FabH Inhibitors with Mode of Action Validated in Haemophilus influenzae by in Vitro Resistance Mutation Mapping.
著者: McKinney, D.C. / Eyermann, C.J. / Gu, R.F. / Hu, J. / Kazmirski, S.L. / Lahiri, S.D. / McKenzie, A.R. / Shapiro, A.B. / Breault, G.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3526
ポリマ－69,6132
非ポリマー7404
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.191, 77.734, 64.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 34806.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: P1031 / 遺伝子: fabH, SPP_0448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C1CIR8, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-4VN / 1-{5-[2-chloro-5-(hydroxymethyl)phenyl]pyridin-2-yl}piperidine-4-carboxylic acid


分子量: 346.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClN2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M Na Malonate, 0.1 PCPT Buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.12 Å / Num. obs: 36472 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.14 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.9→26.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9487 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9337 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 1836 5.04 %RANDOM
Rwork0.2106 ---
obs0.2125 36406 91 %-
原子変位パラメータBiso max: 115.9 Å2 / Biso mean: 44.4 Å2 / Biso min: 23.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.615 Å20 Å20.6715 Å2
2---9.4891 Å20 Å2
3---2.8741 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→26.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4884 0 50 274 5208
Biso mean--51.3 49.26 -
残基数----646
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1759SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes767HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5023HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion689SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6424SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5023HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6799HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.04
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 157 5.41 %
Rwork0.2144 2747 -
all0.2162 2904 -
obs--89.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.263-0.0551-0.10680.6896-0.28451.8955-0.0024-0.5048-0.12040.05330.05610.0463-0.0192-0.1567-0.0537-0.12620.00550.0105-0.06540.0289-0.12959.7186-8.8769-0.1486
21.28330.1499-0.13670.5893-0.45481.9305-0.00010.20980.0352-0.1321-0.00590.0124-0.02910.09930.006-0.0518-0.00210.0055-0.109-0.0007-0.096420.7497-4.385-25.9233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|324 A|401 - A|402 A|501 - A|636 }A2 - 324
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|324 A|401 - A|402 A|501 - A|636 }A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|324 A|401 - A|402 A|501 - A|636 }A501 - 636
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|324 B|401 - B|402 B|501 - B|638 }B2 - 324
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|324 B|401 - B|402 B|501 - B|638 }B401 - 402
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|324 B|401 - B|402 B|501 - B|638 }B501 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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