PDB-5b13: Crystal structure of phycoerythrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b13

タイトル

Crystal structure of phycoerythrin

要素

Phycoerythrin alpha subunit
Phycoerythrin beta subunit

キーワード

PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Phycobiliprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

フィコビリソーム / chloroplast thylakoid membrane /

光合成
類似検索 - 分子機能

生物種

Palmaria palmata (ダルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.094 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Gai, Z. / Kishimura, H.

引用

ジャーナル: J FOOD BIOCHEM. / 年: 2016
タイトル: Structural properties of phycoerythrin from dulse palmaria palmata
著者: Miyabe, Y. / Furuta, T. / Takeda, T. / Kanno, G. / Shimizu, T. / Tanaka, Y. / Gai, Z. / Yasui, H. / Kishimura, H.

履歴

登録	2015年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _citation.country / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b13.cif.gz	439 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b13.ent.gz	382.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lia-3 2vjh-1 1b8d-1 5nb4-1 1eyx-2 5fvb-1 5fvb-2 5nb4-2 5aqd-1 5aqd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycoerythrin alpha subunit

G: Phycoerythrin beta subunit

B: Phycoerythrin alpha subunit

C: Phycoerythrin alpha subunit

D: Phycoerythrin alpha subunit

E: Phycoerythrin alpha subunit

F: Phycoerythrin alpha subunit

H: Phycoerythrin beta subunit

I: Phycoerythrin beta subunit

J: Phycoerythrin beta subunit

K: Phycoerythrin beta subunit

L: Phycoerythrin beta subunit

ヘテロ分子

234 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.500, 111.850, 112.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Phycoerythrin alpha subunit 分子量: 17657.760 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然詳細: CYCs are covalently attached to the polypeptide chain. 由来: (天然) Palmaria palmata (ダルス) / 参照: UniProt: F2ZAL8
#2: タンパク質	Phycoerythrin beta subunit 分子量: 18425.002 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然詳細: CYC and PUB are covalently attached to the polypeptide chain. 由来: (天然) Palmaria palmata (ダルス) / 参照: UniProt: F2ZAL7
#3: 化合物	... ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン分子量: 588.694 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN / Phycourobilin 分子量: 590.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂N₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, PEG4000 / PH範囲: 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 135827 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 11.21
反射シェル	解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.094→48.933 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2365	6792	5 %
R_work	0.1976	-	-
obs	0.1996	135817	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.094→48.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15114	0	1290	1808	18212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	16740
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	22890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.395	5976
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	2442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0942-2.118	0.3279	201	0.2747	3808	X-RAY DIFFRACTION	89
2.118-2.1429	0.3083	227	0.2582	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1429-2.169	0.3283	225	0.2541	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.1965	0.3449	224	0.2557	4271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1965-2.2254	0.2897	228	0.2441	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2254-2.2559	0.2912	224	0.2338	4256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2559-2.2881	0.2889	229	0.2276	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2881-2.3222	0.3036	225	0.2325	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3222-2.3585	0.282	226	0.2234	4289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3585-2.3972	0.2579	227	0.2154	4316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3972-2.4385	0.2802	227	0.2111	4325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4385-2.4829	0.2671	228	0.2057	4328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4829-2.5306	0.2853	227	0.2099	4302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5306-2.5823	0.2547	225	0.2038	4276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5823-2.6384	0.2431	226	0.2022	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6384-2.6998	0.2367	229	0.2053	4342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6998-2.7673	0.2765	225	0.2141	4276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7673-2.8421	0.286	228	0.211	4326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8421-2.9257	0.2572	226	0.2037	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9257-3.0202	0.2273	228	0.1903	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0202-3.1281	0.2315	228	0.2026	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1281-3.2533	0.2479	226	0.2058	4308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2533-3.4013	0.2379	229	0.2022	4351	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4013-3.5806	0.2296	226	0.1913	4290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5806-3.8049	0.2003	229	0.1787	4342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8049-4.0985	0.1924	228	0.1693	4335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0985-4.5107	0.1679	229	0.1557	4352	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5107-5.1628	0.2096	229	0.1677	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1628-6.5022	0.182	230	0.1855	4361	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5022-48.9468	0.1776	233	0.164	4416	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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