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Yorodumi- PDB-5a3v: Crystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a3v | ||||||
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Title | Crystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from Arabidopsis thaliana | ||||||
Components | PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / GAMMA-KETOL REDUCTASE / ARABIDOPSIS THALIANA / CHLOROPLAST / OXYDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information chloroplast inner membrane / Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / plant-type vacuole / chloroplast envelope / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ARABIDOPSIS THALIANA (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | ||||||
Authors | Mas-y-mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D. | ||||||
Citation | Journal: Front Plant Sci / Year: 2017 Title: Crystal Structure of the Chloroplastic Oxoene Reductase ceQORH from Arabidopsis thaliana. Authors: Mas Y Mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5a3v.cif.gz | 258.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5a3v.ent.gz | 211.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5a3v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.1251, -0.5079, -0.8523), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 34481.008 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ARABIDOPSIS THALIANA (thale cress) / Tissue: CHLOROPLAST / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q9SV68, Oxidoreductases #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.63 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 32% PEG4000 (V/V) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.98 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE SI 1 1 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.34→42.267 Å / Num. obs: 28266 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.64 % / Biso Wilson estimate: 21.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 13.24 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.49 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 87.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34→42.267 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→42.267 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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