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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zv5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-myristoylated mouse mammary tumor virus matrix protein | ||||||
要素 | Matrix protein p10 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / retroviral matrix protein / N-myristoylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Zabransky, A. / Dolezal, M. / Dostal, J. / Vanek, O. / Hadravova, R. / Stokrova, J. / Brynda, J. / Pichova, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Retrovirology / 年: 2016 タイトル: Myristoylation drives dimerization of matrix protein from mouse mammary tumor virus. 著者: Dolezal, M. / Zabransky, A. / Dostal, J. / Vanek, O. / Brynda, J. / Lepsik, M. / Hadravova, R. / Pichova, I. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2013 タイトル: One-step separation of myristoylated and nonmyristoylated retroviral matrix proteins. 著者: Dolezal, M. / Zabransky, A. / Hrabal, R. / Ruml, T. / Pichova, I. / Rumlova, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zv5.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zv5.ent.gz | 38.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zv5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10489.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-92 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) 遺伝子: gag / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10258, UniProt: P11284*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M potassium chloride, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Rmerge(I) obs: 0.036 / D res high: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.57→46.08 Å / Num. all: 28486 / Num. obs: 28486 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 23.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単一同系置換・異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.57→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.115 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.27 Å2 / Biso mean: 24.1833 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→46.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
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