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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zkf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human phosphodiesterase 12 | ||||||
要素 | 2',5'-phosphodiesterase 12 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Diesterase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligoribonucleotidase activity / mitochondrial mRNA catabolic process / regulation of mitochondrial mRNA stability / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / cellular response to interferon-alpha / nucleic acid metabolic process / OAS antiviral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / cellular response to dsRNA ...oligoribonucleotidase activity / mitochondrial mRNA catabolic process / regulation of mitochondrial mRNA stability / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / cellular response to interferon-alpha / nucleic acid metabolic process / OAS antiviral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / cellular response to dsRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / exonuclease activity / antiviral innate immune response / positive regulation of viral genome replication / 転写後修飾 / cellular response to type II interferon / 3'-5'-RNA exonuclease activity / defense response to virus / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, S.Y. / Kohno, T. / Mori, T. / Kitano, K. / Hakoshima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human phosphodiesterase 著者: Kim, S.Y. / Kohno, T. / Mori, T. / Kitano, K. / Hakoshima, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zkf.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zkf.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zkf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51897.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 154-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6L8Q7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素, poly(A)-specific ribonuclease | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 43956 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.671 / Net I/av σ(I): 24.625 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 240887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.82→33.755 Å / FOM work R set: 0.8872 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.41 Å2 / Biso mean: 22.36 Å2 / Biso min: 6.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.82→33.755 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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