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Yorodumi- PDB-4zk6: Crystallographic Capture of Quinolinate Synthase (NadA) from Pyro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zk6 | ||||||
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Title | Crystallographic Capture of Quinolinate Synthase (NadA) from Pyrococcus horikoshii in its Substrates and Product-Bound States | ||||||
Components | Quinolinate synthase A | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / quinolicnic acid / biosynthesis of nicotinamide adenine dinucleotide. | ||||||
Function / homology | Function and homology information quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrococcus horikoshii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.895 Å | ||||||
Authors | Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Saunders, A.H. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2016 Title: Structure of Quinolinate Synthase from Pyrococcus horikoshii in the Presence of Its Product, Quinolinic Acid. Authors: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Saunders, A.H. / McLaughlin, M.I. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zk6.cif.gz | 263.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zk6.ent.gz | 213.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zk6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zk6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1wzuS 4zkz 5fev 5ffk S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34190.027 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (archaea) Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: nadA, PH0013 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 (DE3) / References: UniProt: O57767, quinolinate synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 299 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 30% PEG 4000, 10 mM QA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.85 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.85 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.895→50 Å / Num. obs: 41502 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.14 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WZU Resolution: 1.895→48.589 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.895→48.589 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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