+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zdm | ||||||
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Title | Pleurobrachia bachei iGluR3 LBD Glycine Complex | ||||||
Components | Glutamate receptor kainate-like protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Glutamate Receptor / Ion Channel | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutamate-gated receptor activity / postsynaptic membrane / membrane => GO:0016020 Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pleurobrachia bachei (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Grey, R.J. / Mayer, M.L. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes. Authors: Alberstein, R. / Grey, R. / Zimmet, A. / Simmons, D.K. / Mayer, M.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zdm.cif.gz | 168 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zdm.ent.gz | 134.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zdm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ykiSC 4ykjC 4ykkC 4ykpC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The dimer packing observed in this crystal form is not biologically relevant |
-Components
#1: Protein | Mass: 28835.510 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The construct contains residues N399-D519 and D660-N795 of the PbiGluR3 ligand binding domain connected by a synthetic GT linker, with an E399N mutation of the native sequence introduced to ...Details: The construct contains residues N399-D519 and D660-N795 of the PbiGluR3 ligand binding domain connected by a synthetic GT linker, with an E399N mutation of the native sequence introduced to facilitate removal of the affinity purification tag. Source: (gene. exp.) Pleurobrachia bachei (invertebrata) / Gene: PbiGluR3 / Plasmid: pET22 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Origami B(DE3) / References: UniProt: H6S0J1*PLUS | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-GLY / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Reservoir: 10% PEG 400, 1.6 M Li2SO4, 200 mM MgSO4, 100 mM cacodylate. Protein buffer: 100 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.5, 0.5 mM EDTA, 2 mM glutamate PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HS / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→30 Å / Num. obs: 67078 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 59.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YKI Resolution: 1.5→29.384 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→29.384 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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