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万見
- PDB-4yhv: Yeast Prp3 C-terminal fragment 325-469 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhv
タイトルYeast Prp3 C-terminal fragment 325-469
要素U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Spliceosomal protein (スプライセオソーム) / DUF1115 / RNA-binding domain (RNA結合タンパク質) / ferredoxin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


U4/U6 snRNP / U4 snRNP / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, S. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 740 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: A composite double-/single-stranded RNA-binding region in protein Prp3 supports tri-snRNP stability and splicing.
著者: Liu, S. / Mozaffari-Jovin, S. / Wollenhaupt, J. / Santos, K.F. / Theuser, M. / Dunin-Horkawicz, S. / Fabrizio, P. / Bujnicki, J.M. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4813
ポリマ－17,3611
非ポリマー1202
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.079, 56.079, 86.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / Prp3


分子量: 17361.094 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 325-469 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRP3, RNA3, YDR473C, D8035.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03338
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 10459 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 24.96
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 5.94 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHU

4yhu


解像度: 2→24.283 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 522 4.99 %
Rwork0.1612 --
obs0.164 10454 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1121 0 8 67 1196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2781617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.57460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9963-2.19710.2191270.1662424X-RAY DIFFRACTION97
2.1971-2.51480.20741310.17022481X-RAY DIFFRACTION100
2.5148-3.16720.25771310.18822498X-RAY DIFFRACTION100
3.1672-24.28470.20931330.14622529X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4956-1.07370.06393.3905-0.02643.6782-0.00220.0683-0.08160.00830.12580.138-0.0550.0679-0.10530.1651-0.0635-0.01350.19980.03770.168911.1225-20.3338-2.224
26.2384-0.0378-0.7591.8615-0.00090.52990.2197-0.0386-0.32680.1594-0.1406-0.24990.01940.2713-0.08550.2381-0.0193-0.04520.47220.04810.238821.7656-21.38582.5486
35.0125-0.2526-0.26395.82860.74177.11290.5055-0.42090.78630.6753-0.09050.1247-0.7029-0.2139-0.42450.4438-0.11170.13290.2834-0.00070.33139.9223-7.35081.9192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 332 through 405 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 406 through 432 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 433 through 466 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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