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- PDB-4yhg: NATIVE BACTEROIDETES-AFFILIATED GH5 CELLULASE LINKED WITH A POLYS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhg
タイトルNATIVE BACTEROIDETES-AFFILIATED GH5 CELLULASE LINKED WITH A POLYSACCHARIDE UTILIZATION LOCUS
要素GH5
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta alpha barrel / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / metagenomics (メタゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


organic substance metabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotriose / GH5
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Naas, A.E. / MacKenzie, A.K. / Dalhus, B. / Eijsink, V.G.H. / Pope, P.B.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus.
著者: Naas, A.E. / MacKenzie, A.K. / Dalhus, B. / Eijsink, V.G. / Pope, P.B.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH5
B: GH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7523
ポリマ－87,2472
非ポリマー5041
水4,179232
1
A: GH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1282
ポリマ－43,6241
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GH5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6241
ポリマ－43,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.326, 99.553, 102.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 9 - 397 / Label seq-ID: 1 - 389

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.8602, -0.509266, 0.026533), (-0.50974, 0.860187, -0.015614), (-0.014871, -0.026956, -0.999526)66.485184, 17.652531, -55.151932

-
要素

#1: タンパク質 GH5 / Glycoside Hydrolase 5 / Endoglucanase


分子量: 43623.602 Da / 分子数: 2 / 変異: E172A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic DNA
由来: (組換発現) Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア)
プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MPD7, セルラーゼ
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotriose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 代謝代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium nitrate, 20 % w/v PEG 3350, 5mM Cellotetraose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→71.401 Å / Num. all: 34325 / Num. obs: 34325 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.105 / Net I/av σ(I): 5.405 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 180101
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.535.10.4961.52501849270.2340.4963.199.8
2.53-2.685.40.3761.92517046690.1710.3764.299.7
2.68-2.875.40.2512.92367244210.1140.2515.799.9
2.87-3.15.10.17442113441180.0810.1747.799.9
3.1-3.395.30.1255.62006337990.0570.12510.599.9
3.39-3.795.50.0867.41900534560.0380.08615.399.7
3.79-4.385.30.0718.71609230570.0320.07118.299.9
4.38-5.375.10.0629.41335926240.0290.06218.899.7
5.37-7.595.30.06101086620550.0280.0617.799.5
7.59-49.7774.80.0567.4572211990.0280.05621.199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHE

4yhe


解像度: 2.4→71.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 15.315 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 1733 5.1 %RANDOM
Rwork0.1848 ---
obs0.1869 32543 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.05 Å2 / Biso mean: 42.408 Å2 / Biso min: 20.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→71.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5941 0 34 232 6207
Biso mean--55.23 34.96 -
残基数----750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3161.9248312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.847312778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8715746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06123.731327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38315950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7991552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.22.3982996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1872.3972995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8853.5923738
Refine LS restraints NCS数: 5576 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 3.11 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 109 -
Rwork0.262 2412 -
all-2521 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5768-0.7687-0.35222.6861-0.35371.603-0.2081-0.1881-0.1230.37320.1879-0.04510.13950.0830.02020.07740.0476-0.00380.0531-0.01310.035416.597422.953-6.6671
22.1631-0.4501-0.67573.1760.80631.626-0.07660.3151-0.3297-0.3286-0.00720.0240.0784-0.04910.08390.0543-0.01280.01690.0726-0.02360.077638.864828.468-48.9207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 397
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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