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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y30 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human protein arginine methyltransferase PRMT6 bound to SAH and EPZ020411 | ||||||
要素 | Protein arginine N-methyltransferase 6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization ...histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / protein modification process / 塩基除去修復 / RMTs methylate histone arginines / 細胞老化 / histone binding / メチル化 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Swinger, K.K. / Boriack-Sjodin, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Aryl Pyrazoles as Potent Inhibitors of Arginine Methyltransferases: Identification of the First PRMT6 Tool Compound. 著者: Mitchell, L.H. / Drew, A.E. / Ribich, S.A. / Rioux, N. / Swinger, K.K. / Jacques, S.L. / Lingaraj, T. / Boriack-Sjodin, P.A. / Waters, N.J. / Wigle, T.J. / Moradei, O. / Jin, L. / Riera, T. / ...著者: Mitchell, L.H. / Drew, A.E. / Ribich, S.A. / Rioux, N. / Swinger, K.K. / Jacques, S.L. / Lingaraj, T. / Boriack-Sjodin, P.A. / Waters, N.J. / Wigle, T.J. / Moradei, O. / Jin, L. / Riera, T. / Porter-Scott, M. / Moyer, M.P. / Smith, J.J. / Chesworth, R. / Copeland, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y30.cif.gz | 167.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y30.ent.gz | 130.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y30 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 39 - 374 / Label seq-ID: 15 - 350
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39524.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT6, HRMT1L6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96LA8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125 |
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-非ポリマー , 5種, 522分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MgCl, MES buffer pH 6.5, Isopropanol, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→99.67 Å / Num. obs: 50960 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 8.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→43.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 4.729 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.74 Å2 / Biso mean: 17.88 Å2 / Biso min: 4.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→43.51 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 19680 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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