PDB-4xyc: NANOMOLAR INHIBITORS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS GLUTAMINE SYNT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xyc

タイトル

NANOMOLAR INHIBITORS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS GLUTAMINE SYNTHETASE 1: SYNTHESIS, BIOLOGICAL EVALUATION AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES

要素

Glutamine synthetase 1

グルタミンシンテターゼ

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR /

LIGASE (リガーゼ) /

ATP BINDING (アデノシン三リン酸) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process /

glutamine synthetase activity / : /

ATP binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Couturier, C. / Silve, S. / Morales, R. / Ppessegue, B. / Llopart, S. / Nair, A. / Bauer, A. / Scheiper, B. / poeverlein, c. / Ganzhorn, A. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Nanomolar inhibitors of Mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: Synthesis, biological evaluation and X-ray crystallographic studies.
著者: Couturier, C. / Silve, S. / Morales, R. / Pessegue, B. / Llopart, S. / Nair, A. / Bauer, A. / Scheiper, B. / Poverlein, C. / Ganzhorn, A. / Lagrange, S. / Bacque, E.

履歴

登録	2015年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xyc.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xyc.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xyc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wgsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hto-2 1hto-1 1htq-2 1htq-1 1f52-d 5zlp-d 3zxv-1 1fpy-d 1f1h-d 2whi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase 1

B: Glutamine synthetase 1

C: Glutamine synthetase 1

D: Glutamine synthetase 1

E: Glutamine synthetase 1

F: Glutamine synthetase 1

G: Glutamine synthetase 1

H: Glutamine synthetase 1

I: Glutamine synthetase 1

J: Glutamine synthetase 1

K: Glutamine synthetase 1

L: Glutamine synthetase 1

M: Glutamine synthetase 1

N: Glutamine synthetase 1

O: Glutamine synthetase 1

P: Glutamine synthetase 1

Q: Glutamine synthetase 1

R: Glutamine synthetase 1

S: Glutamine synthetase 1

T: Glutamine synthetase 1

U: Glutamine synthetase 1

V: Glutamine synthetase 1

W: Glutamine synthetase 1

X: Glutamine synthetase 1

ヘテロ分子

1.29 MDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine synthetase 1

B: Glutamine synthetase 1

C: Glutamine synthetase 1

D: Glutamine synthetase 1

E: Glutamine synthetase 1

F: Glutamine synthetase 1

M: Glutamine synthetase 1

N: Glutamine synthetase 1

O: Glutamine synthetase 1

P: Glutamine synthetase 1

Q: Glutamine synthetase 1

R: Glutamine synthetase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
647 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Glutamine synthetase 1

H: Glutamine synthetase 1

I: Glutamine synthetase 1

J: Glutamine synthetase 1

K: Glutamine synthetase 1

L: Glutamine synthetase 1

S: Glutamine synthetase 1

T: Glutamine synthetase 1

U: Glutamine synthetase 1

V: Glutamine synthetase 1

W: Glutamine synthetase 1

X: Glutamine synthetase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
647 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	260.112, 273.497, 207.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	B	0 - 474
2	1	1	4	A	0 - 474
1	1	2	4	C	0 - 474
2	1	2	4	A	0 - 474
1	1	3	4	D	0 - 474
2	1	3	4	A	0 - 474
1	1	4	4	E	0 - 474
2	1	4	4	A	0 - 474
1	1	5	4	F	0 - 474
2	1	5	4	A	0 - 474
1	1	6	4	G	0 - 474
2	1	6	4	A	0 - 474
1	1	7	4	H	0 - 474
2	1	7	4	A	0 - 474
1	1	8	4	I	0 - 474
2	1	8	4	A	0 - 474
1	1	9	4	J	0 - 474
2	1	9	4	A	0 - 474
1	1	10	4	K	0 - 474
2	1	10	4	A	0 - 474
1	1	11	4	L	0 - 474
2	1	11	4	A	0 - 474
1	1	12	4	M	0 - 474
2	1	12	4	A	0 - 474
1	1	13	4	N	0 - 474
2	1	13	4	A	0 - 474
1	1	14	4	O	0 - 474
2	1	14	4	A	0 - 474
1	1	15	4	P	0 - 474
2	1	15	4	A	0 - 474
1	1	16	4	Q	0 - 474
2	1	16	4	A	0 - 474
1	1	17	4	R	0 - 474
2	1	17	4	A	0 - 474
1	1	18	4	S	0 - 474
2	1	18	4	A	0 - 474
1	1	19	4	T	0 - 474
2	1	19	4	A	0 - 474
1	1	20	4	U	0 - 474
2	1	20	4	A	0 - 474
1	1	21	4	V	0 - 474
2	1	21	4	A	0 - 474
1	1	22	4	W	0 - 474
2	1	22	4	A	0 - 474
1	1	23	4	X	0 - 474
2	1	23	4	A	0 - 474

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	... Glutamine synthetase 1 / グルタミンシンテターゼ / Glutamate--ammonia ligase 1 分子量: 53627.727 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: glnA1, glnA, MT2278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyss / 参照: UniProt: P9WN38, グルタミンシンテターゼ
#2: 化合物	... ChemComp-2K9 / 9-phenyl-4H-imidazo[1,2-a]indeno[1,2-e]pyrazin-4-one 分子量: 297.310 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₁N₃O

#1: タンパク質

...
Glutamine synthetase 1 /

グルタミンシンテターゼ / Glutamate--ammonia ligase 1

分子量: 53627.727 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: glnA1, glnA, MT2278 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyss / 参照: UniProt: P9WN38,

グルタミンシンテターゼ

#2: 化合物

...
ChemComp-2K9 / 9-phenyl-4H-imidazo[1,2-a]indeno[1,2-e]pyrazin-4-one

分子量: 297.310 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₁N₃O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG3350, 0.2 M KSCN, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 221564 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WGS

2wgs

解像度: 3.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 27.428 / SU ML: 0.447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	11105	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.203	210213	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	88296	0	552	0	88848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	91424
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.962	124404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.807	5	11096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.248	24.273	4540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.659	15	14124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.953	15	480
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	12952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	72312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.622	1.5	55676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.165	2	89760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.995	3	35748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.828	4.5	34644
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	3670	medium positional	0.28	0.5
2	C	3645	medium positional	0.26	0.5
3	D	3674	medium positional	0.23	0.5
4	E	3670	medium positional	0.26	0.5
5	F	3693	medium positional	0.28	0.5
6	G	3693	medium positional	0.21	0.5
7	H	3670	medium positional	0.28	0.5
8	I	3645	medium positional	0.24	0.5
9	J	3674	medium positional	0.24	0.5
10	K	3670	medium positional	0.25	0.5
11	L	3693	medium positional	0.23	0.5
12	M	3693	medium positional	0.22	0.5
13	N	3670	medium positional	0.25	0.5
14	O	3645	medium positional	0.24	0.5
15	P	3674	medium positional	0.24	0.5
16	Q	3670	medium positional	0.25	0.5
17	R	3693	medium positional	0.24	0.5
18	S	3693	medium positional	0.23	0.5
19	T	3670	medium positional	0.25	0.5
20	U	3645	medium positional	0.22	0.5
21	V	3674	medium positional	0.22	0.5
22	W	3670	medium positional	0.24	0.5
23	X	3693	medium positional	0.24	0.5
1	B	3670	medium thermal	0.92	2
2	C	3645	medium thermal	0.69	2
3	D	3674	medium thermal	1.09	2
4	E	3670	medium thermal	1	2
5	F	3693	medium thermal	0.75	2
6	G	3693	medium thermal	0.68	2
7	H	3670	medium thermal	0.7	2
8	I	3645	medium thermal	0.73	2
9	J	3674	medium thermal	1.03	2
10	K	3670	medium thermal	0.84	2
11	L	3693	medium thermal	0.72	2
12	M	3693	medium thermal	0.67	2
13	N	3670	medium thermal	0.71	2
14	O	3645	medium thermal	0.67	2
15	P	3674	medium thermal	0.69	2
16	Q	3670	medium thermal	0.89	2
17	R	3693	medium thermal	0.75	2
18	S	3693	medium thermal	0.7	2
19	T	3670	medium thermal	0.66	2
20	U	3645	medium thermal	0.7	2
21	V	3674	medium thermal	0.88	2
22	W	3670	medium thermal	0.7	2
23	X	3693	medium thermal	0.92	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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