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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xsa
タイトルDetermining the Molecular Basis for Starter Unit Selection During Daunorubicin Biosynthesis
要素Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / biosynthesis (生合成) / polyketide (ポリケチド) / daunorubicin (ダウノルビシン) / starter unit
機能・相同性3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Jackson, D.R. / Valentic, T.R. / Tsai, S.C. / Patel, A. / Mohammed, L. / Vasilakis, K. / Wattana-amorn, P. / Long, P.F. / Crump, M.P. / Crosby, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM100305-03 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Determining the Molecular Basis for Starter Unit Selection During Daunorubicin Biosynthesis
著者: Jackson, D.R. / Valentic, T.R. / Tsai, S.C. / Patel, A. / Mohammed, L. / Vasilakis, K. / Wattana-amorn, P. / Long, P.F. / Crump, M.P. / Crosby, J.
履歴
登録2015年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase
B: Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9732
ポリマ－78,9732
非ポリマー00
水10,305572
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.476, 91.476, 316.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase / DpsC


分子量: 39486.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Serine 118 is modified to propionyl-serine
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア)
遺伝子: dpsC / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q54816, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 % / 解説: hexagonal crystals that looked like Monopoly houses
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.18 M sodium citrate, 26% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40753 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XQP

4xqp
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.204→45.738 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 2000 4.92 %
Rwork0.1664 --
obs0.1681 40679 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.204→45.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5102 0 0 572 5674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0687132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.491848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.204-2.25880.22591380.17192666X-RAY DIFFRACTION99
2.2588-2.31980.21961380.18452682X-RAY DIFFRACTION99
2.3198-2.38810.23351400.18032698X-RAY DIFFRACTION99
2.3881-2.46520.2161410.1822725X-RAY DIFFRACTION100
2.4652-2.55330.23741400.18312705X-RAY DIFFRACTION100
2.5533-2.65550.18651390.1782691X-RAY DIFFRACTION100
2.6555-2.77630.26561410.18612730X-RAY DIFFRACTION100
2.7763-2.92270.22161410.17252729X-RAY DIFFRACTION100
2.9227-3.10570.19851430.1752767X-RAY DIFFRACTION100
3.1057-3.34550.22311420.16912745X-RAY DIFFRACTION100
3.3455-3.6820.18951460.15532803X-RAY DIFFRACTION100
3.682-4.21450.16351440.14632800X-RAY DIFFRACTION100
4.2145-5.30850.16231480.13482877X-RAY DIFFRACTION100
5.3085-45.74780.21311590.1823061X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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