PDB-4xrr: Crystal structure of cals8 from micromonospora echinospora (P294S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xrr

タイトル

Crystal structure of cals8 from micromonospora echinospora (P294S mutant)

要素

CalS8

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

calicheamicin (カリケアミシン) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / polysaccharide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Michalska, K. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Singh, S. / Kharel, M.K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. ...

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of CalS8, a TDP-alpha-D-Glucose Dehydrogenase Involved in Calicheamicin Aminodideoxypentose Biosynthesis.
著者: Singh, S. / Michalska, K. / Bigelow, L. / Endres, M. / Kharel, M.K. / Babnigg, G. / Yennamalli, R.M. / Bingman, C.A. / Joachimiak, A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2015年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年2月11日	ID: 4WB1
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年11月8日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xrr.cif.gz	344.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xrr.ent.gz	282.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xrr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gg2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xr9-d 2y0c-1 2qg4-3 2y0e-1 4edf-2 2o3j-2 2qg4-2 5vr8-3 2y0c-2 2y0e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109793 TargetTrack: NatPro-GO.119366

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CalS8

B: CalS8

ヘテロ分子

96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.392, 88.200, 70.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CalS8 分子量: 48041.793 Da / 分子数: 2 / 変異: P294S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calS8 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q8KNF6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15% PEG 3350, pH 8.0, Temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 27596 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 53.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MR-Rosetta		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3gg2

3gg2

解像度: 2.55→37.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9339 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	1128	4.09 %	RANDOM
R_work	0.1835	-	-	-
obs	0.1853	27580	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6104 Å²	0 Å²	-4.1491 Å²
2-	-	-4.5702 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.9598 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.339 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6640	0	6	85	6731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6766	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.81	9224	HARMONIC	3
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3074	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		135	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1036	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6766	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.83
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		889	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7900	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.65 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	112	3.91 %
R_work	0.2145	2751	-
all	0.2163	2863	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8547	-1.0881	-0.8366	2.2664	0.8829	1.3882	-0.1679	-0.1196	0.3045	0.0514	0.1964	-0.2781	-0.0374	-0.0401	-0.0284	-0.0292	-0.0023	-0.055	-0.0108	-0.0584	-0.0667	19.0895	29.7843	95.539
2	1.9625	-0.8273	0.8609	2.5482	0.0496	1.2786	-0.14	-0.2913	-0.0024	0.2501	0.1842	-0.1919	0.0733	0.0271	-0.0442	-0.0012	0.0086	0.008	-0.0123	0.0158	-0.139	11.2125	23.5583	93.4479
3	-0.0553	2.0143	1.2876	0	-2.4259	0.6171	0.003	0.0966	0.1855	-0.0857	0.0459	-0.0027	-0.0171	0.0727	-0.0489	0.1071	0.1473	0.1709	0.1424	0.0193	-0.0174	17.6262	33.4659	78.4585
4	0.4723	-0.2145	0.4212	1.1743	-0.2625	1.6186	0.0707	0.0207	0.0404	0.0439	0.0964	0.0024	-0.2886	-0.0971	-0.1671	-0.0856	-0.0427	-0.002	-0.0795	0.0007	-0.068	5.9814	32.2662	72.2995
5	0.9104	-0.2494	-0.1906	1.5991	0.1723	0.2793	0.0532	-0.2192	-0.1895	0.0423	-0.0534	0.0328	0.1621	0.1026	0.0002	-0.0035	-0.0313	-0.0532	-0.0124	0.0175	-0.0538	8.2753	18.2292	61.5821
6	3.8645	0.172	0.139	4.0729	-0.7601	2.3814	0.0723	-0.4629	-0.2939	0.086	-0.3039	-0.2882	0.0935	0.4491	0.2316	-0.1903	0.0286	0.01	0.0391	0.096	-0.116	28.0941	18.9892	56.906
7	4.1846	-1.6307	2.1489	4.564	0.7492	4.0353	0.0719	-0.0366	0.0928	0.2659	0.0105	0.3472	-0.4901	-0.5682	-0.0824	-0.225	0.0972	-0.0313	0.0278	0.0834	-0.1155	-5.2032	54.1352	38.8487
8	1.6148	-0.086	0.954	3.2615	-1.1955	2.679	0.1242	0.3848	0.2228	-0.4265	-0.0326	0.4578	-0.0068	-0.4678	-0.0916	-0.1654	0.0496	-0.0658	0.0164	0.0204	-0.1433	-3.8141	43.0376	34.1214
9	0.6682	-0.5198	0.1138	0.1508	1.4852	0.4023	-0.015	-0.0439	0.0235	-0.0145	0.0557	-0.01	0.0155	-0.0789	-0.0407	0.1147	0.0249	0.1117	0.1428	-0.0426	0.0362	-3.7211	50.184	54.3916
10	0.6192	-0.2137	-0.082	0.9538	-1.0887	1.9777	0.0424	0.0177	0.0581	0.0255	0.0833	0.0418	-0.1711	-0.119	-0.1258	-0.0623	-0.0346	-0.0136	-0.0373	-0.0133	-0.0522	2.2078	37.1889	57.2246
11	4.4413	-0.956	-1.2006	2.4278	-0.3242	3.5162	0.0227	0.1291	-0.2341	-0.3923	0.3634	0.4371	0.0626	-0.2129	-0.3861	-0.155	-0.1373	-0.117	-0.0616	0.1091	-0.01	-12.3333	24.963	59.3559
12	6.5551	-1.126	1.9515	3.6097	-2.7136	6.5558	-0.0759	-0.1462	-0.1368	0.2769	0.306	0.3142	-0.5462	-0.5944	-0.2301	-0.3377	0.1126	0.0527	0.0151	0.1831	-0.1525	-24.3124	39.8404	67.81

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|-2 - A\|55}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|56 - A\|163}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|164 - A\|178}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|179 - A\|257}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|258 - A\|328}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|329 - A\|453}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|-2 - B\|65}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|66 - B\|166}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|167 - B\|178}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|179 - B\|271}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|272 - B\|327}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|328 - B\|453}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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