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- PDB-4xny: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xny
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC08C in complex with HIV-1 clade A strain Q842.d12 gp120
要素
  • Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC08C
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC08C
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / 補体依存性細胞傷害 / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / 補体依存性細胞傷害 / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / viral protein processing / 免疫応答 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, T. / Srivatsan, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Maturation and Diversity of the VRC01-Antibody Lineage over 15 Years of Chronic HIV-1 Infection.
著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / ...著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / Saunders, K.O. / Soto, C. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Shapiro, L.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC08C
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC08C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,32514
ポリマ－87,8923
非ポリマー2,43311
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area35120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.476, 121.476, 68.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39667.828 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 43-122, 195-297, 319-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: Q842.d12 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JDI3
#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC08C


分子量: 25296.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC08C


分子量: 22927.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 13% PEG 1500, 2% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 44444 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 47.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 2.23 / Net I/av σ(I): 27.169 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 168055
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.10.5641.920960.6940.3640.6741.10194.4
2.34-2.383.30.55321750.7190.3480.6551.13797.7
2.38-2.433.60.5221970.7710.3150.611.16399.7
2.43-2.483.80.47322400.8170.280.5511.15499.2
2.48-2.533.90.4322150.8260.2510.4991.28599.8
2.53-2.5940.35922070.880.2080.4151.36199.4
2.59-2.6640.30522280.9070.1770.3531.4799.5
2.66-2.7340.25922000.9360.1510.31.59899.8
2.73-2.8140.23422180.9420.1360.2711.65399.6
2.81-2.93.90.19222460.9580.1130.2231.83699.7
2.9-33.90.16322170.9720.0950.1892.00699.8
3-3.123.90.13322240.9780.0790.1552.19199.5
3.12-3.263.90.11322280.9830.0660.1312.42599.7
3.26-3.443.90.09422280.9870.0560.1092.77499.8
3.44-3.653.90.08122200.990.0480.0943.13399.7
3.65-3.933.80.07722530.9910.0460.0893.70599.7
3.93-4.333.70.06422610.9930.0390.0753.999.8
4.33-4.953.80.05222490.9950.0310.0613.63899.6
4.95-6.243.80.04822490.9960.0290.0563.28399.5
6.24-503.50.04522930.9950.0290.0543.44297.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIXdev_1702精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XMP

4xmp


解像度: 2.3→33.691 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2241 5.05 %
Rwork0.1822 42165 -
obs0.184 44406 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.15 Å2 / Biso mean: 67.9327 Å2 / Biso min: 29.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6027 0 308 205 6540
Biso mean--98.12 49.7 -
残基数----779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8338613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9012282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2967-2.34660.34341400.2822360250092
2.3466-2.40120.28821290.28052618274798
2.4012-2.46120.33441410.2772644278599
2.4612-2.52780.27331360.263226502786100
2.5278-2.60210.29991560.24932585274199
2.6021-2.68610.2831510.23722652280399
2.6861-2.7820.25751320.235726342766100
2.782-2.89340.2621290.225126732802100
2.8934-3.0250.25651300.2226652795100
3.025-3.18430.24561420.208526362778100
3.1843-3.38370.2491100.197226882798100
3.3837-3.64460.19291430.183526452788100
3.6446-4.01090.22871400.162926832823100
4.0109-4.590.17531470.143326572804100
4.59-5.77820.15891580.134226832841100
5.7782-33.6950.19211570.15192692284998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1048-2.6306-3.87147.30624.11755.3189-0.37760.3096-0.1057-0.36880.63660.15070.0652-0.0247-0.17720.4125-0.1624-0.09540.59340.10880.4321-4.00352.1397-33.2666
22.18740.31430.70046.46591.47452.5647-0.15010.4937-0.2305-0.55570.4917-0.1680.29660.3955-0.37220.476-0.056-0.04460.6490.04370.4652.832942.0893-30.4548
30.84960.40160.38039.0033.18274.86340.18630.08210.40930.2626-0.1492-0.3144-0.40490.3417-0.08690.4097-0.0695-0.05590.54390.20390.5921-1.129165.4953-18.9499
42.983-0.9671-1.40355.14022.30097.19610.00030.6103-0.5572-0.3457-0.02110.16610.9709-0.00520.00390.5056-0.0231-0.08940.516-0.0290.49720.93337.2292-29.1558
57.1888-1.4781-0.42593.8693-0.1871.7931-0.12880.4064-0.5583-0.23990.17660.09620.31270.1695-0.06430.47740.0195-0.11520.371-0.03820.36583.531935.3576-14.4473
64.1548-1.8369-0.17243.38981.43661.5701-0.0475-0.1816-0.15690.27310.11710.0240.2994-0.1261-0.05960.3586-0.0436-0.04430.370.06810.3544-4.063743.6515-5.4595
71.3893-0.0449-1.1179.8198-3.7973.52470.2336-0.5161-0.17950.4297-0.3095-0.27720.1050.2740.03850.3974-0.0344-0.12950.46160.06810.4323-4.064247.9753-0.4691
83.2489-0.8561-0.53174.62930.33021.3661-0.10320.23510.3571-0.08840.1156-0.1365-0.0768-0.0337-0.00330.2929-0.0189-0.04110.33930.04740.3207-2.991155.3599-11.6937
96.65171.4241-4.20015.65292.09026.38660.1932-1.0768-1.12180.66610.3055-0.09930.59360.2634-0.3750.4446-0.0019-0.1470.39810.0150.550811.113236.4171-0.7313
105.00991.70781.37787.70454.22067.75690.16320.5123-0.3702-0.13530.1972-0.43050.42610.202-0.3860.50410.0536-0.03760.59650.03460.49595.19340.8823-27.8802
116.7705-1.1451-3.40914.9023-3.30547.41660.19590.5670.4672-0.2787-0.5717-0.4903-0.7475-0.64660.1750.34720.0953-0.02480.4239-0.06280.591429.360854.64515.2301
125.717-1.77081.18973.5750.89582.33350.1390.15130.0673-0.173-0.12390.21980.0488-0.02570.00160.33630.0691-0.01560.38340.03190.355221.74247.757-1.0965
135.3515-1.7712.41544.1983-1.86014.2132-0.0346-0.36760.1452-0.04750.0718-0.08130.0682-0.2432-0.20790.32870.0402-0.01960.3872-0.05460.419324.422450.82185.4573
144.9549-2.37154.41071.4797-2.26593.79880.37032.95980.010.2277-0.31870.49160.30952.1480.08220.66520.16460.08561.07860.16640.647220.924349.1801-20.0973
154.349-0.60332.36652.05071.19924.68020.0752-0.076-0.01360.09470.0628-0.2336-0.0602-0.0506-0.03720.29820.04770.02930.24910.0270.443238.510744.002912.4507
167.5632-1.49771.40612.49760.27884.2216-0.0812-0.31250.56970.0132-0.0287-0.3812-0.32980.21650.10990.42750.0539-0.09950.4839-0.08980.529152.344346.83825.2436
174.0363-1.86820.47261.5788-0.68833.34730.79480.8373-1.1072-0.3543-0.48730.47630.74520.1659-0.21450.62380.2407-0.1660.5067-0.18340.59234.874427.3128-5.088
182.4798-3.2513-1.88195.08012.77799.65110.95461.94731.066-0.8325-0.5244-0.79120.19430.5033-0.10780.64720.3611-0.04781.06850.05350.379739.235437.3629-11.2451
194.2004-3.80940.08563.12080.21682.67080.59081.3483-0.7821-0.8694-0.61780.31390.37830.29970.04810.64230.2597-0.08020.604-0.13970.471837.394730.3982-6.7446
201.3532-1.3803-1.00712.09740.22724.3114-0.1525-0.32630.21480.28380.1944-0.2644-0.38050.1020.01220.46870.0501-0.0430.5260.01420.46649.914334.019922.5396
217.8748-4.487-4.98554.62032.56994.2244-0.3562-0.1762-0.34490.3822-0.05980.40860.0603-0.5020.34620.41420.0642-0.00450.37190.01210.374146.764629.656623.1787
227.6111.4462-3.05123.53910.02634.17030.07-0.41560.37940.135-0.0097-0.0543-0.3285-0.1999-0.00680.30.0974-0.06010.4273-0.06830.365645.825632.312819.7819
233.5226-1.5265-1.70742.28832.3643.9528-0.5777-0.844-0.07840.58280.2060.2360.4288-0.18310.31950.57930.167-0.00150.66430.01290.39244.666228.931631.6338
244.2673-0.3789-4.13414.90943.72888.42970.1472-1.72280.03950.43610.0579-0.44480.68460.7423-0.46260.82270.3113-0.11990.9169-0.01830.516251.479728.799237.8633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 45 through 76 )G0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 77 through 115 )G0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 116 through 215 )G0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 216 through 258 )G0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 259 through 283 )G0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 284 through 385 )G0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 386 through 425 )G0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 426 through 456 )G0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 457 through 474 )G0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 475 through 492 )G0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 1 through 17 )H0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 18 through 72 )H0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 73 through 93 )H0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 94 through 100F)H0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 100G through 135 )H0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 136 through 215 )H0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 1 through 38 )L0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 39 through 61 )L0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 62 through 101 )L0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 102 through 128 )L0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 129 through 150 )L0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 151 through 174 )L0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 175 through 204 )L0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 205 through 214 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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