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Yorodumi- PDB-4s1s: Crystal structure of a VRC01-lineage antibody, 45-VRC01.H5.F-1859... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4s1s | ||||||
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Title | Crystal structure of a VRC01-lineage antibody, 45-VRC01.H5.F-185917, in complex with clade A/E HIV-1 gp120 core | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 / neutralizing antibodies / VRC01-lineage / antibody maturation / evolutionary rate / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.39 Å | ||||||
Authors | Kwon, Y.D. / Yang, Y. / Zhang, B. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2015 Title: Maturation and Diversity of the VRC01-Antibody Lineage over 15 Years of Chronic HIV-1 Infection. Authors: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / ...Authors: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / Saunders, K.O. / Soto, C. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4s1s.cif.gz | 330.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4s1s.ent.gz | 273.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4s1s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4s1qC 4s1rC 4xmpC 4xnyC 4xnzC 4xvsC 4xvtC 3se8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39211.434 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residue 44-492 / Mutation: V1V2 and V3 deletion Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: HIV-1 gp120 core / Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: clade A/E 93TH057 / Gene: HIV-1 Env / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS | ||
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#2: Antibody | Mass: 24790.045 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: Fab of VRC01-lineage antibody,45-VRC01.H5.F-185917 heavy chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: codon-optimized VRC01-lineage antibody, 45-VRC01.H5.F-185917, heavy chain Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: Heavy chain / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||
#3: Antibody | Mass: 23089.572 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Fab of VRC01 light chain / Mutation: N72T Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: codon-optimized human antibody VRC01 light chain / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: Light chain / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||
#4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Chemical | ChemComp-EPE / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 12% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES, 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 28, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.39→50 Å / Num. all: 14657 / Num. obs: 14247 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 92.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.46 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 82.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SE8 Resolution: 3.39→47.496 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.39→47.496 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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