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- PDB-4wnh: Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wnh
タイトルCrystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose
要素
  • Coagulation factor IX第IX因子
  • Xyloside xylosyltransferase 1
キーワードtransferase/protein binding / glycolsyltransferase / transferase-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


xylosyl alpha-1,3-xylosyltransferase / xylosyl alpha-1,3-xylosyltransferase activity / UDP-xylosyltransferase activity / Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / 第IX因子 / O-glycan processing / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant ...xylosyl alpha-1,3-xylosyltransferase / xylosyl alpha-1,3-xylosyltransferase activity / UDP-xylosyltransferase activity / Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / 第IX因子 / O-glycan processing / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / ヒドロキシル化 / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / 凝固・線溶系 / manganese ion binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / 小胞体 / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Xyloside xylosyltransferase 1 / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Xyloside xylosyltransferase 1 / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE / 第IX因子 / Xyloside xylosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yu, H. / Li, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose
著者: Yu, H. / Li, H.
履歴
登録2014年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xyloside xylosyltransferase 1
D: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9095
ポリマ－41,0062
非ポリマー9033
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.481, 89.481, 42.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AD

#1: タンパク質 Xyloside xylosyltransferase 1 / UDP-xylose:alpha-xyloside alpha-1 / 3-xylosyltransferase


分子量: 35295.500 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 87-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Xxylt1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q3U4G3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド Coagulation factor IX / 第IX因子 / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 5710.229 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 92-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, 第IX因子
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 312.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-3DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 90分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-UDX / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE / UDP-ALPHA-D-XYLOPYRANOSE / ウリジン5′-二りん酸β-(α-D-キシロピラノシル)


分子量: 536.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O16P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 28026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.107 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22448 1408 5 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.19429 26616 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 55 88 2841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9673864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8336007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.695331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19623.741139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.40815454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4581515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8373.2141330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8243.2111329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9824.8051659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9834.8091660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0273.4641513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0263.4631514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.365.12206
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.13325.7063196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.12625.6823184
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 112 -
Rwork0.283 1959 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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