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Yorodumi- PDB-4wjz: Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wjz | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)(G141A) from Vibrio cholerae | ||||||||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / Vibrio cholerae / FabG / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||||||||
Authors | Hou, J. / Zheng, H. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2015 Title: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae. Authors: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wjz.cif.gz | 321 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wjz.ent.gz | 260 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wjz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/4wjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/4wjz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3op4C 3rroC 3rshC 3tzcC 3tzkC 3u09C 4i08C 4wk6C 5endC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 0
NCS ensembles :
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Details | The biological assembly is a tetramer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 26372.141 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: G141A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (bacteria) Gene: fabG, VC_2021 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL References: UniProt: Q9KQH7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 2.4M Ammonium phosphate, 0.1M Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2014 / Details: Beyllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.8 % / Number: 185974 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.88 / D res high: 2.4 Å / D res low: 27 Å / Num. obs: 32068 / % possible obs: 98.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.4→27 Å / Num. obs: 32068 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.877 / Net I/av σ(I): 17.676 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 185974 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→26.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.2295 / WRfactor Rwork: 0.1946 / FOM work R set: 0.7991 / SU B: 18.038 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.1223 / SU Rfree: 0.0575 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.058 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.71 Å2 / Biso mean: 37.804 Å2 / Biso min: 13.96 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→26.94 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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