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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bn3 | ||||||
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タイトル | Structure of a unique ATP synthase NeqA-NeqB in complex with ADP from Nanoarcheaum equitans | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ATP Synthase (ATP合成酵素) / Nanoarcheaum equitans / Catalytic core | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nanoarchaeum equitans Kin4-M (ナノアルカエウム・エクウィタンス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mohanty, S. / Jobichen, C. / Chichili, V.P.R. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structural Basis for a Unique ATP Synthase Core Complex from Nanoarcheaum equitans 著者: Mohanty, S. / Jobichen, C. / Chichili, V.P.R. / Velazquez-Campoy, A. / Low, B.C. / Hogue, C.W.V. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bn3.cif.gz | 219.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bn3.ent.gz | 170.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bn3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/5bn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/5bn3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly provided by author is hetero-hexameric |
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64768.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans Kin4-M (ナノアルカエウム・エクウィタンス) 株: Kin4-M / 遺伝子: atpA, NEQ103 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q74MJ7, ATP合成酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46674.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans Kin4-M (ナノアルカエウム・エクウィタンス) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ263 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q74MS5 |
-非ポリマー , 6種, 450分子
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-DIO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, 1.6M Ammonium Phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9897 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9897 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 102518 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 37.12 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GQB 解像度: 2→30.649 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.197 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30.649 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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