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- PDB-4wfw: The crystal structure of Dickeya dadantii GspB from the type 2 se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wfw
タイトルThe crystal structure of Dickeya dadantii GspB from the type 2 secretion system
要素General secretion pathway protein B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Type 2 Secretion System / GspB
機能・相同性Type II secretion system protein GspB / Type II secretion system protein B / type II protein secretion system complex / protein processing / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 / General secretion pathway protein B
機能・相同性情報
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Rycroft, P.B. / Pickersgill, R.W. / Shevchik, V.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I013334/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Dickeya dadantii GspB from the type 2 secretion system
著者: Rycroft, P.B.
履歴
登録2014年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9221
ポリマ－9,9221
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.210, 36.210, 131.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein B


分子量: 9921.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア)
株: 3937 / 遺伝子: outB, Dda3937_02412 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01563
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: initial hit from nano drop. Scaled up using whisker streak seeding. 0.2M MgCl, 0.1M Tris, 30% w/v PEG4000, pH8.5
PH範囲: 8.4-8.6 / Temp details: Air Conditioned room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→36.03 Å / Num. obs: 6380 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.9 % / Net I/σ(I): 30.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0085精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3oss

3oss


解像度: 2.05→34.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 11.881 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25421 591 10.1 %RANDOM
Rwork0.20853 ---
obs0.21303 5276 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数661 0 0 15 676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.959933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9531427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.603584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0882534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02415103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.034153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6653.22339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6663.206338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6084.805422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6054.821423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.863.428346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8593.44347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9115.069512
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.6826.228754
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.67726.296755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 40 -
Rwork0.291 356 -
obs--93.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.449 Å / Origin y: 9.637 Å / Origin z: 41.627 Å
111213212223313233
T0.2035 Å20.0377 Å20.0463 Å2-0.1388 Å20.0074 Å2--0.0388 Å2
L4.5042 °21.2491 °2-1.1685 °2-8.6324 °2-0.0262 °2--4.0744 °2
S-0.1117 Å °0.4153 Å °-0.1042 Å °-0.8122 Å °0.0432 Å °-0.5553 Å °0.0657 Å °0.3929 Å °0.0685 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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