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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wcc | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation P225G | ||||||
![]() | 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclic nucleotide catabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Determinants of ligand binding and catalytic activity in the myelin enzyme 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase. 著者: Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Laulumaa, S. / Lehtimaki, M. / Hartlein, M. / Moulin, M. / Kursula, I. / Kursula, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4wbiC ![]() 4wblC ![]() 4wc9C ![]() 4wcaC ![]() 4wcbC ![]() 4wdaC ![]() 4wdbC ![]() 4wddC ![]() 4wdeC ![]() 4wdfC ![]() 4wdgC ![]() 4wdhC ![]() 4wexC ![]() 4wfrC ![]() 5ae0C ![]() 2xmiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24196.812 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 179-398 / 変異: P225G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P16330, ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-2AM / ![]() | ||
#3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-citrate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 5828 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 56.13 Å2 / Rmerge F obs: 0.138 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 17.63 / Num. measured all: 25515 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2xmi 解像度: 2.7→34.998 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.08 Å2 / Biso mean: 68.3427 Å2 / Biso min: 30.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→34.998 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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