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万見
- PDB-4v1j: Structure of Neisseria meningitidis Major Pillin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1j
タイトルStructure of Neisseria meningitidis Major Pillin
要素FIMBRIAL PROTEIN
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / TYPE IV PILLUS
機能・相同性
機能・相同性情報


性繊毛 / 細胞接着
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein, Type 4 Pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS MC58 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Harding, R.J. / Exley, R. / Tang, C.M. / Caesar, J.J.E. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Tstructure of Neisseria Meningitidis Major Pillin
著者: Harding, R.J. / Exley, R. / Tang, C.M. / Caesar, J.J.E. / Lea, S.M.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMBRIAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2674
ポリマ－15,1081
非ポリマー1603
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.060, 105.060, 23.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2070-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FIMBRIAL PROTEIN / PILIN


分子量: 15107.851 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 32-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS MC58 (髄膜炎菌)
遺伝子: PILE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P05431
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ETHANOLAMINE (EDO): N/A
配列の詳細DATABASE CONTAINS SIGNAL SEQUENCE AND 24 ADDITIONAL RESIDUES, GPM COMES FROM EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M SODIUM HEPES PH7.5, 45% V/V PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.984
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→23.06 Å / Num. obs: 27504 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HI2

2hi2


解像度: 1.43→23.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.927 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17586 1383 5 %RANDOM
Rwork0.1383 ---
obs0.14023 26116 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.768 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.06 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→23.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1044 0 9 80 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.9471530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8593.0022535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9925157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95225.81443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.17315197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.741154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.99332237
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.398531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.4452266
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 121 -
Rwork0.198 1723 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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