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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uzb | ||||||
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タイトル | KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain mutant bound to LBS1 DNA (R1039Q, R1040Q, K1055E, K1109A, D1110A, A1121E, K1138S, K1140D, K1141D) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/DNA / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING DOMAIN / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN / HHV-8 / GAMMAHERPESVIRUS / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE / TUMOR VIRUS / CANCER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / viral life cycle / host cell nucleus / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.865 Å | ||||||
データ登録者 | Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: The 3D Structure of Kaposi Sarcoma Herpesvirus Lana C-Terminal Domain Bound to DNA. 著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Lunsdorf, H. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Crystallization, Room-Temperature X-Ray Diffraction and Preliminary Analysis of Kaposi'S Sarcoma Herpesvirus Lana Bound to DNA. 著者: Hellert, J. / Krausze, J. / Schulz, T.F. / Luhrs, T. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uzb.cif.gz | 174.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uzb.ent.gz | 138.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uzb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4uzb_validation.pdf.gz | 432.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4uzb_full_validation.pdf.gz | 434.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4uzb_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4uzb_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/4uzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/4uzb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.14212, 0.53378, 0.83359), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15896.087 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1008-1146 変異: R1039Q, R1040Q, K1055E, K1109A, D1110A, A1121E, K1138S, K1140D, K1141D 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス) プラスミド: PET-BASED / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76SB0, UniProt: Q9QR71*PLUS #2: DNA鎖 | | 分子量: 6137.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス) 参照: GenBank: 1841835 #3: DNA鎖 | | 分子量: 6137.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス) 参照: GenBank: 1841835 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.9 UL OF 1.60 MM LANA(1008-1146) MUTANT, 0.96 MM DSDNA, 10 MM BISTRIS PH 6.5, 0.9 M NACL, AND 5 MM DTT WERE ADDED TO 0.9 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 6.6, 27% PEG4000, ...詳細: 0.9 UL OF 1.60 MM LANA(1008-1146) MUTANT, 0.96 MM DSDNA, 10 MM BISTRIS PH 6.5, 0.9 M NACL, AND 5 MM DTT WERE ADDED TO 0.9 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 6.6, 27% PEG4000, AND 0.3 M AMMONIUM ACETATE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW WITHIN FIVE DAYS AT 24 DEGREES CENTIGRADE. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.00004 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.87→47.53 Å / Num. obs: 21605 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 79.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.65 |
反射 シェル | 解像度: 2.87→3.04 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YPY 解像度: 2.865→47.53 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.865→47.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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