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- PDB-4umv: CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC-TRANSPORTING PIB-TYPE ATPASE IN THE E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4umv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC-TRANSPORTING PIB-TYPE ATPASE IN THE E2P STATE
要素ZINC-TRANSPORTING ATPASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CPC / CXXC / ATP-BINDING / ION TRANSPORT / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / TRANSPORT / HEAVY-METAL BINDING / P-TYPE ATPASE / PIB-ATPASE / ZN2+ EXPORTING / ZINC TRANSPORT / PI-ATPASE / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cd2+-exporting ATPase / P-type Zn2+ transporter / P-type zinc transporter activity / P-type cadmium transporter activity / トランスロカーゼ; 無機カチオンとそのキレートの輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / zinc ion transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. ...P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Zinc/cadmium/lead-transporting P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種SHIGELLA SONNEI (ソンネ 赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, K.T. / Sitsel, O. / Meloni, G. / Autzen, H.E. / Andersson, M. / Klymchuk, T. / Nielsen, A.M. / Rees, D.C. / Nissen, P. / Gourdon, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure and Mechanism of Zn(2+)-Transporting P-Type Atpases.
著者: Wang, K. / Sitsel, O. / Meloni, G. / Autzen, H.E. / Andersson, M. / Klymchuk, T. / Nielsen, A.M. / Rees, D.C. / Nissen, P. / Gourdon, P.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Refinement description
改定 1.32014年10月29日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZINC-TRANSPORTING ATPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9323
ポリマ－76,8421
非ポリマー902
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.462, 60.972, 141.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ZINC-TRANSPORTING ATPASE / ZINC EFFLUX ATPASE


分子量: 76841.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SHIGELLA SONNEI (ソンネ 赤痢菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q3YW59, EC: 3.6.3.5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM MGCL2, 200 MM LITHIUM ACETATE, 17 % V/V PEG2000-MME, 10 % V/V GLYCEROL AND 5 MM BME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 15457 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 67.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 8.01
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RFU

3rfu


解像度: 3.2→46.082 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 771 5 %
Rwork0.2185 --
obs0.2216 15448 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4432 0 5 0 4437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2475865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2541525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.40050.33851280.26922437X-RAY DIFFRACTION100
3.4005-3.6630.29131270.23432414X-RAY DIFFRACTION100
3.663-4.03140.29051270.21552417X-RAY DIFFRACTION100
4.0314-4.61430.26831290.19352436X-RAY DIFFRACTION100
4.6143-5.81170.26961290.21022459X-RAY DIFFRACTION100
5.8117-46.0870.26951310.21792514X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71890.2562-0.33290.5088-0.84321.2945-0.30220.3946-0.2906-0.20870.1533-0.05620.13750.0390.09540.8679-0.01280.19050.5681-0.04760.536931.2865-4.9532289.12
21.36660.05640.48431.7250.52062.87260.34610.2482-0.0450.00750.2437-0.32410.08270.305-0.51120.28440.02890.01460.2319-0.05110.657333.6929-8.2189341.3847
34.2771-1.301-1.93165.1646-0.47434.57420.145-0.5650.14520.50510.0286-0.22-0.41960.0545-0.09960.1889-0.0292-0.03840.2540.00080.43976.0586-10.3719351.6151
43.4016-0.0936-0.49592.6282-0.97323.91920.010.1412-0.408-0.4307-0.0106-0.06410.0086-0.1221-0.04330.31540.05780.08470.22-0.06140.3619.0438-16.0916321.1648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND ((RESSEQ 126:228) OR (RESSEQ 339:413) OR (RESSEQ 664:730))
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND ((RESSEQ 229:338))
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND ((RESSEQ 444:559))
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND ((RESSEQ 414:443) OR (RESSEQ 560:663))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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