[日本語] English
万見
- PDB-1ytv: Maltose-binding protein fusion to a C-terminal fragment of the V1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ytv
タイトルMaltose-binding protein fusion to a C-terminal fragment of the V1a vasopressin receptor
要素
  • Maltose-binding periplasmic protein
  • Vasopressin V1a receptorVasopressin receptor 1A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / HORMONE RECEPTOR / vasopressin (バソプレッシン) / receptor (受容体) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / fusion protein (融合タンパク質) / maltose-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


maternal aggressive behavior / Defective AVP does not bind AVPR1A,B and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / cellular response to water deprivation / V1A vasopressin receptor binding / 勃起 / positive regulation of renal sodium excretion / negative regulation of transmission of nerve impulse / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity ...maternal aggressive behavior / Defective AVP does not bind AVPR1A,B and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / cellular response to water deprivation / V1A vasopressin receptor binding / 勃起 / positive regulation of renal sodium excretion / negative regulation of transmission of nerve impulse / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / negative regulation of female receptivity / myotube differentiation / sperm ejaculation / positive regulation of systemic arterial blood pressure / telencephalon development / grooming behavior / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / maternal behavior / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / positive regulation of heart rate / response to corticosterone / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / plasma membrane => GO:0005886 / social behavior / peptide hormone binding / activation of phospholipase C activity / transport across blood-brain barrier / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / endocytic vesicle / carbohydrate transport / positive regulation of vasoconstriction / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / positive regulation of cellular pH reduction / protein kinase C binding / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / peptide binding / outer membrane-bounded periplasmic space / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / ペリプラズム / エンドソーム / G protein-coupled receptor signaling pathway / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V1A receptor / Vasopressin V1 receptor, C-terminal / Vasopressin V1 receptor, C-terminal / DUF1856 / Vasopressin receptor / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Vasopressin V1A receptor / Vasopressin V1 receptor, C-terminal / Vasopressin V1 receptor, C-terminal / DUF1856 / Vasopressin receptor / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Vasopressin V1a receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Adikesavan, N.V. / Mahmood, S.S. / Stanley, S. / Xu, Z. / Wu, N. / Thibonnier, M. / Shoham, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: A C-terminal segment of the V1R vasopressin receptor is unstructured in the crystal structure of its chimera with the maltose-binding protein.
著者: Adikesavan, N.V. / Mahmood, S.S. / Stanley, N. / Xu, Z. / Wu, N. / Thibonnier, M. / Shoham, M.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年12月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein
M: Vasopressin V1a receptor
B: Maltose-binding periplasmic protein
N: Vasopressin V1a receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3146
ポリマ－99,6304
非ポリマー6852
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.102, 66.557, 115.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The second molecule in the asymmetric unit is related by a two-fold axis

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / Maltodextrin-binding protein / MMBP / maltose transport protein / chemotaxis (ABC superfamily / peri_bind)


分子量: 40252.520 Da / 分子数: 2 / 断片: c-terminal residues 27-392 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONE FUSED PROTEIN IS MADE OF CHAINS A+M, THE OTHER B+N
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: expressed with second entity as one protein / 遺伝子: malE / プラスミド: PSV282 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: タンパク質 Vasopressin V1a receptor / Vasopressin receptor 1A / V1aR / Vascular/hepatic-type arginine vasopressin receptor / Antidiuretic hormone receptor 1a / ...V1aR / Vascular/hepatic-type arginine vasopressin receptor / Antidiuretic hormone receptor 1a / AVPR V1a / arginine vasopressin receptor 1A


分子量: 9562.329 Da / 分子数: 2 / 断片: linker + residues 362-418 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONE FUSED PROTEIN IS MADE OF CHAINS A+M, THE OTHER B+N
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: expressed with first entity as one protein / 遺伝子: AVPR1A / プラスミド: PSV282 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37288
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 25%(v/v)PEG 400 and 25%(v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年11月18日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si-111, Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.43 Å / Num. all: 71204 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Limit h max: 28 / Limit h min: -28 / Limit k max: 36 / Limit k min: -28 / Limit l max: 64 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1630376.1 / Observed criterion F min: 15.8 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å

-
位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.362 / Packing: 0.299
最高解像度最低解像度Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Å99.7 0

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A7L

1a7l


解像度: 1.8→34.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: throughout
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3609 5.1 %random
Rwork0.199 ---
all0.1955 71534 --
obs-71204 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 52.8902 Å2 / ksol: 0.38898 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.67 Å2 / Biso mean: 22.99 Å2 / Biso min: 8.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20.18 Å2
2--5.17 Å20 Å2
3----4.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5760 0 44 641 6445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.84
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.870.2773364.80.2766150.0157151695197.2
1.87-1.940.2683615.10.23467060.0147084706799.7
1.94-2.030.2283294.60.20868130.0137154714299.8
2.03-2.140.2523494.90.20467910.0147160714099.7
2.14-2.270.2344065.70.19667020.0127121710899.8
2.27-2.440.2253474.90.18967800.0127139712799.8
2.44-2.690.2454095.70.19967480.0127164715799.9
2.69-3.080.2343625.10.20867660.0127139712899.8
3.08-3.880.18635950.18368450.017210720499.9
3.88-34.430.2133514.90.19268290.0117311718098.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る