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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zlr | ||||||
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タイトル | Soaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD):CR3022 complex. | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-COV-2 (SARSコロナウイルス2) / VIRAL PROTEIN COMPLEX (ウイルス性) / ANTIBODY (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | de Nicola, G.F. / Nichols, C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2020 タイトル: A New Crystal Form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain: CR3022 Complex-An Ideal Target for In-Crystal Fragment Screening of the ACE2 Binding Site Surface. 著者: Nichols, C. / Ng, J. / Keshu, A. / Fraternali, F. / De Nicola, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zlr.cif.gz | 383 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zlr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zlr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/6zlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/6zlr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6w41S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26095.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 23455.420 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 24376.963 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.02 % / 解説: Thin Rod |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.1 M SODIUM MALONATE, 0.1 M TRIS PH 7.7, 22% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.09→68.028 Å / Num. obs: 72060 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.933 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.09→3.16 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4356 / CC1/2: 0.415 / % possible all: 90.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6W41 解像度: 3.1→68.028 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 19.006 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.908 / ESU R Free: 0.375 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→68.028 Å
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拘束条件 |
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