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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ue0 | ||||||
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タイトル | Structure of the bovine atadenovirus type 4 fibre head protein | ||||||
要素 | FIBER繊維 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOVINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.17 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, T.H. / van Raaij, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Virol. J. / 年: 2015 タイトル: Crystal structure of the fibre head domain of bovine adenovirus 4, a ruminant atadenovirus. 著者: Nguyen, T.H. / Vidovszky, M.Z. / Ballmann, M.Z. / Sanz-Gaitero, M. / Singh, A.K. / Harrach, B. / Benko, M. / van Raaij, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ue0.cif.gz | 168.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ue0.ent.gz | 136.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ue0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4ue0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4ue0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13561.470 Da / 分子数: 3 / 断片: HEAD DOMAIN, RESIDUES 414-535 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOVINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) 解説: PROTOTYPE STRAIN OF BADV-4 (CALLED THT/62) WAS ISOLATED BY ADORJAN BARTHA IN 1962. THE GENOME IN THE GENBANK IS UNDER ACCESSION NUMBER NC_002685.2. IT IS A SO CALLED REFSEQ ENTRY, MEANING ...解説: PROTOTYPE STRAIN OF BADV-4 (CALLED THT/62) WAS ISOLATED BY ADORJAN BARTHA IN 1962. THE GENOME IN THE GENBANK IS UNDER ACCESSION NUMBER NC_002685.2. IT IS A SO CALLED REFSEQ ENTRY, MEANING THAT BADV-4 IS THE REFERENCE STRAIN FOR THE BOVINE ATADENOVIRUS D SPECIES. REFERENCE BARTHA, A., ALDASY, P. (1966) FURTHER TWO SEROTYPES OF BOVINE ADENOVIRUS (SEROTYPE 4 AND 5). ACTA VET. HUNG. ACAD. SCI. 16(1)107-108. 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q997H2 #2: 化合物 | ChemComp-CO3 / | #3: 化合物 | ChemComp-SCN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% (W/V) PEG3350, 200 MM KSCN, 50 MM NACL, 10 MM TRIS-HCL PH 7.5, 5% (V/V) GLYCEROL PH範囲: 7.5; 7.5 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.17→44.15 Å / Num. obs: 103174 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.17→1.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.17→44.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.203 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.611 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.17→44.15 Å
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拘束条件 |
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