PDB-4u9o: Crystal structure of NqrA from Vibrio cholerae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u9o

タイトル

Crystal structure of NqrA from Vibrio cholerae

要素

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / sodium translocation /

Rossmann fold (ロスマンフォールド)

機能・相同性

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A (NQRA) / NQRA C-terminal domain /

NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Fritz, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the V. cholerae Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Steuber, J. / Vohl, G. / Casutt, M.S. / Vorburger, T. / Diederichs, K. / Fritz, G.

履歴

登録	2014年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 2.0	2024年4月3日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u9o.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u9o.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u9qC 4u9sC 4u9uC 4uajC 8acy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cer-2 3cer-4 1yht-d 3cer-1 4ez8-d 3tev-2 6b67-3 4o8j-1 6x7o-d 5ivb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

ヘテロ分子

39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.270, 84.310, 102.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NQR subunit A / NQR complex subunit A / NQR-1 subunit A 分子量: 39121.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nqrA, VC_2295 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KPS1, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 % / 解説: rhomboid
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.92 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 748418 / R_merge(I) obs: 0.179 / Χ²: 1.02 / D res high: 2.2 Å / Num. obs: 32778 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
10	45	347	1	0.029
5	10	2457	1	0.049
4	5	2676	1	0.059
3	4	7466	1	0.152
2.5	3	9443	1	0.764
2.2	2.5	10389	1	2.34

反射

解像度: 1.6→45 Å / Num. obs: 45130 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 37 % / B_iso Wilson estimate: 33.02 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 33.51 / Num. measured all: 1698531

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.7	0.651	3.832	1.08	267947	7411	7350	3.886	99.2
1.7-1.8	0.889	1.948	2.36	230074	5879	5841	1.973	99.4
1.8-1.9	0.974	0.96	4.83	182137	4698	4674	0.972	99.5
1.9-2	0.991	0.511	8.93	143804	3813	3799	0.517	99.6
2-2.2	0.997	0.261	17.2	214051	5716	5705	0.264	99.8
2.2-2.6	0.999	0.117	35.75	256967	6850	6846	0.119	99.9
2.6-3	1	0.067	66.13	146113	3699	3698	0.068	100
3-6	1	0.041	114.96	223381	6138	6132	0.041	99.9
6-10	1	0.035	145.93	26906	726	726	0.036	100
10-20	1	0.032	146.12	6526	192	192	0.032	100
20-45	0.998	0.044	108.07	625	31	28	0.046	90.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XSCALE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.155 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	2251	5 %
R_work	0.1766	42790	-
obs	0.1779	45041	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.75 Å² / B_iso mean: 44.9674 Å² / B_iso min: 25.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→42.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2305	0	8	256	2569
B_iso mean	-	-	76.94	50.75	-
残基数	-	-	-	-	303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2447
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.815	3337
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	437
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.052	917

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6348	0.5265	121	0.4386	2631	2752	99
1.6348-1.6728	0.3564	140	0.3511	2598	2738	100
1.6728-1.7146	0.3328	160	0.3004	2635	2795	100
1.7146-1.761	0.2949	140	0.2765	2647	2787	100
1.761-1.8128	0.27	151	0.2469	2644	2795	100
1.8128-1.8713	0.2671	130	0.2225	2661	2791	99
1.8713-1.9382	0.2499	124	0.2198	2639	2763	100
1.9382-2.0158	0.2277	147	0.2022	2667	2814	100
2.0158-2.1075	0.2131	141	0.1963	2667	2808	100
2.1075-2.2187	0.2265	142	0.1841	2678	2820	100
2.2187-2.3576	0.2321	139	0.1789	2660	2799	100
2.3576-2.5397	0.2241	136	0.1831	2693	2829	100
2.5397-2.7952	0.2163	145	0.1987	2680	2825	100
2.7952-3.1995	0.2079	140	0.1884	2722	2862	100
3.1995-4.0306	0.1892	144	0.163	2736	2880	100
4.0306-42.1696	0.154	151	0.1377	2832	2983	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.064	-0.3451	0.152	2.0031	0.1772	1.7533	-0.0254	-0.1652	0.0295	0.2558	0.0698	0.0497	-0.2622	0.1354	0.0026	0.3494	0.0644	0.0707	0.3152	0.0444	0.3806	-16.8547	-9.3122	-15.7306
2	1.1964	0.2482	-0.7255	2.1579	-0.2759	1.0226	0.1177	0.1291	0.2364	-0.0804	-0.0133	0.239	-0.352	-0.3661	0.0044	0.2895	0.0895	0.0363	0.3367	0.0922	0.4131	-22.3855	-11.6139	-25.9042
3	1.3491	0.1648	-1.0325	1.1667	0.5901	1.7281	-0.0609	-0.0066	0.0062	-0.0592	0.1514	0.0308	0.1388	0.26	-0	0.2835	0.0347	0.0065	0.3446	0.035	0.3134	-12.35	-22.9014	-27.6652
4	0.4314	0.1376	-0.4259	1.1956	0.4831	0.9033	-0.0627	0.1746	-0.1285	-0.1882	0.1659	-0.0899	0.2706	0.2955	-0.0035	0.3957	0.044	0.0091	0.3333	0.0092	0.3533	-9.425	-31.4049	-32.4238
5	0.6196	-0.254	-0.052	0.823	0.5838	0.8182	-0.0571	-0.006	0.0448	0.0524	0.139	0.1193	0.224	-0.0506	0.0001	0.2872	0.0452	0.03	0.3311	0.0683	0.3524	-19.2426	-21.8571	-22.7255
6	1.2893	-0.4222	-0.3144	1.5709	0.18	1.2154	-0.0728	-0.3654	0.0555	0.3644	0.1416	0.0868	-0.0661	0.5342	0.0011	0.4071	0.0801	0.0362	0.5276	0.0355	0.3023	-9.7327	-20.4779	-5.1743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 80 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 125 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 184 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 185 through 235 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 236 through 265 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 266 through 329 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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