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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ivb | ||||||
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タイトル | A High Resolution Structure of a Linked KDM5A Jmj Domain with Alpha-Ketoglutarate | ||||||
要素 | Lysine-specific demethylase 5A,Lysine-specific demethylase 5A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / demethylase inhibition / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / facultative heterochromatin formation / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / enzyme inhibitor activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / facultative heterochromatin formation / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / enzyme inhibitor activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / クロマチン / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.389 Å | ||||||
データ登録者 | Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016 タイトル: Structural Basis for KDM5A Histone Lysine Demethylase Inhibition by Diverse Compounds. 著者: Horton, J.R. / Liu, X. / Gale, M. / Wu, L. / Shanks, J.R. / Zhang, X. / Webber, P.J. / Bell, J.S. / Kales, S.C. / Mott, B.T. / Rai, G. / Jansen, D.J. / Henderson, M.J. / Urban, D.J. / Hall, M. ...著者: Horton, J.R. / Liu, X. / Gale, M. / Wu, L. / Shanks, J.R. / Zhang, X. / Webber, P.J. / Bell, J.S. / Kales, S.C. / Mott, B.T. / Rai, G. / Jansen, D.J. / Henderson, M.J. / Urban, D.J. / Hall, M.D. / Simeonov, A. / Maloney, D.J. / Johns, M.A. / Fu, H. / Jadhav, A. / Vertino, P.M. / Yan, Q. / Cheng, X. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016 タイトル: Characterization of a Linked Jumonji Domain of the KDM5/JARID1 Family of Histone H3 Lysine 4 Demethylases. 著者: Horton, J.R. / Engstrom, A. / Zoeller, E.L. / Liu, X. / Shanks, J.R. / Zhang, X. / Johns, M.A. / Vertino, P.M. / Fu, H. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ivb.cif.gz | 141.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ivb.ent.gz | 107.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ivb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/5ivb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/5ivb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37944.836 Da / 分子数: 1 断片: Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588,Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): Gold C-PLUS 参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-AKG / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MN / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate PH範囲: 8.6-9.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.389→32.883 Å / Num. obs: 64066 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.42 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 63.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E6H 解像度: 1.389→32.883 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.389→32.883 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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