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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4s3n | ||||||
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Title | Crystal structure of human OAS3 domain I in complex with dsRNA | ||||||
![]() |
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![]() | Transferase/RNA / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() mitochondrial translation / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Donovan, J. / Whitney, G. / Rath, S. / Korennykh, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural mechanism of sensing long dsRNA via a noncatalytic domain in human oligoadenylate synthetase 3. Authors: Donovan, J. / Whitney, G. / Rath, S. / Korennykh, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 201.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 156.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ig8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 41298.398 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Domain 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA chain | Mass: 6017.562 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
#3: RNA chain | Mass: 6069.697 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.25 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 200 mM trisodium citrate, 150 mM NaCl, 12% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 20, 2013 |
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→43.82 Å / Num. obs: 42802 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4IG8 Resolution: 2→35.479 Å / SU ML: 0.2 / Phase error: 24.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→35.479 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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