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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rv0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TN complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ter94/p97 / Npl4 / AAA ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HSF1 activation / K11-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / larval midgut cell programmed cell death / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Ovarian tumor domain proteases / Translesion Synthesis by POLH / ABC-family proteins mediated transport / Hedgehog ligand biogenesis / fusome / regulation of pole plasm oskar mRNA localization ...HSF1 activation / K11-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / larval midgut cell programmed cell death / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Ovarian tumor domain proteases / Translesion Synthesis by POLH / ABC-family proteins mediated transport / Hedgehog ligand biogenesis / fusome / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / endoplasmic reticulum membrane fusion / pole cell formation / Neutrophil degranulation / P granule / endoplasmic reticulum organization / vesicle-fusing ATPase / dendrite morphogenesis / オートファゴソーム / oogenesis / muscle cell cellular homeostasis / lysosome organization / Golgi organization / autophagosome maturation / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / proteasome complex / ubiquitin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to virus / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 核膜 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of viral entry into host cell / hydrolase activity / ubiquitin protein ligase binding / タンパク質分解 / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.998 Å | ||||||
データ登録者 | Hao, Q. / Jiao, S. / Shi, Z.B. / Zhou, Z.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of TN complex 著者: Hao, Q. / Jiao, S. / Shi, Z.B. / Zhou, Z.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rv0.cif.gz | 216.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rv0.ent.gz | 180.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/4rv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/4rv0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19617.834 Da / 分子数: 4 / 断片: N domain, UNP residues 20-186 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG2331, TER94, VCP / プラスミド: HT-pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7KN62, vesicle-fusing ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 9215.136 Da / 分子数: 4 / 断片: UBD domain, UNP residues 1-77 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG4673, Npl4 / プラスミド: HT-pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VBP9-2, UniProt: Q9VBP9*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ENTITY 2 IS BASED ON ISOFORM 2 OF DATABASE NPL4_DROME (Q9VBP9-2) | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 23% w/v polyethylene glycol 3350, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→50 Å / Num. all: 74276 / Num. obs: 74127 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 19.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 3503 / % possible all: 95.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.998→45.384 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.998→45.384 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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