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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgf
タイトルCrystal structure of the in-line aligned env22 twister ribozyme soaked with Mn2+
要素env22 twister ribozyme
キーワードRNA (リボ核酸) / pseudoknot (シュードノット) / stems / cleavage
機能・相同性: / : / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2008 Å
データ登録者Ren, A. / Rajashankar, K.R. / Simanshu, D. / Patel, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: In-line alignment and Mg(2+) coordination at the cleavage site of the env22 twister ribozyme.
著者: Ren, A. / Kosutic, M. / Rajashankar, K.R. / Frener, M. / Santner, T. / Westhof, E. / Micura, R. / Patel, D.J.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: env22 twister ribozyme
B: env22 twister ribozyme
C: env22 twister ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,20829
ポリマ－54,0323
非ポリマー1,17626
水724
1
A: env22 twister ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,55913
ポリマ－18,0111
非ポリマー54812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: env22 twister ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3168
ポリマ－18,0111
非ポリマー3057
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: env22 twister ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3338
ポリマ－18,0111
非ポリマー3227
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.299, 64.299, 584.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 env22 twister ribozyme


分子量: 18010.756 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.1 M imidole, pH 7.9, CaCl2 0.2 M, 20% PEG1000,50 mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.75 Å / Num. all: 22031 / Num. obs: 21084 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0.7 / Observed criterion σ(I): 0.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 71.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2008→48.749 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 1020 4.84 %
Rwork0.2314 --
obs0.2335 21084 94.57 %
all-22031 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2008→48.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3541 26 4 3571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1366161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9151976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2008-3.36950.38611040.3222072X-RAY DIFFRACTION68
3.3695-3.58060.35361500.30932874X-RAY DIFFRACTION95
3.5806-3.85690.28491460.27353009X-RAY DIFFRACTION100
3.8569-4.24480.27241630.22373030X-RAY DIFFRACTION100
4.2448-4.85860.25561690.21723008X-RAY DIFFRACTION100
4.8586-6.11940.2611320.22383043X-RAY DIFFRACTION100
6.1194-48.75490.26951560.21363028X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.3258 Å / Origin y: -11.2203 Å / Origin z: 17.5405 Å
111213212223313233
T1.1885 Å2-0.1294 Å2-0.0922 Å2-1.7623 Å20.4874 Å2--1.1831 Å2
L0.6714 °2-0.5401 °2-0.4787 °2-1.6097 °20.7951 °2--0.7616 °2
S0.003 Å °-0.3101 Å °0.0561 Å °0.4453 Å °0.0093 Å °-0.2422 Å °-0.0889 Å °0.1728 Å °0.0173 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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