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- PDB-4cih: Structure of LntA-K180D-K181D from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cih
タイトルStructure of LntA-K180D-K181D from Listeria monocytogenes
要素LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / NUCLEOMODULIN / VIRULENCE FACTOR (病原性因子) / BAHD1 BINDING PARTNER
機能・相同性LntA helical domain / LntA, helical domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / host cell nucleus / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Listeria nuclear targeted protein A
機能・相同性情報
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Lebreton, A. / Job, V. / Ragon, M. / Le Monnier, A. / Dessen, A. / Cossart, P. / Bierne, H.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the inhibition of the chromatin repressor BAHD1 by the bacterial nucleomodulin LntA.
著者: Lebreton, A. / Job, V. / Ragon, M. / Le Monnier, A. / Dessen, A. / Cossart, P. / Bierne, H.
履歴
登録2013年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A
B: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A
C: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A
D: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8264
ポリマ－69,8264
非ポリマー00
水82946
1
A: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4571
ポリマ－17,4571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4571
ポリマ－17,4571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4571
ポリマ－17,4571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4571
ポリマ－17,4571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.188, 141.188, 60.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A56 - 202
2114D56 - 202
1124B56 - 201
2124C56 - 201

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.019025, 0.091733, -0.995602), (-0.074785, 0.993123, 0.090076), (0.997018, 0.072742, 0.025755)16.11666, -31.44794, -54.23512
3given(0.995248, -0.058461, -0.077875), (0.077811, -0.003368, 0.996962), (-0.058546, -0.998284, 0.001197)-31.36496, 125.49979, 88.85644

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要素

#1: タンパク質
LISTERIA NUCLEAR TARGETED PROTEIN A / LNTA


分子量: 17456.502 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (リステリア・モノサイトゲネス)
株: LGDE / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y9T5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 0.1 M NA CITRATE PH 5.0 1M LICL2 21% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.511
11-H, K, -L20.489
反射解像度: 2.22→20 Å / Num. obs: 55609 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 66.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XL4

2xl4


解像度: 2.22→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 6.994 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30851 5571 10 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.28102 50037 93.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.759 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4760 0 0 46 4806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0231.9796467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1845581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85325.88233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.62215973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.3281524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8454.1552336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.6176.232913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9984.1762484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 1188 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.420.5
2Bmedium positional0.440.5
1Amedium thermal7.172
2Bmedium thermal6.052
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.278 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 228 -
Rwork0.279 2096 -
obs--53.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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