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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qpp | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Human HMT1 hnRNP methyltransferase-like protein 6 in complex with compound DS-421 (2-{4-[3-CHLORO-2-(2-METHOXYPHENYL)-1H-INDOL-5-YL]PIPERIDIN-1-YL}-N-METHYLETHANAMINE | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/transferase inhibitor / HRMT1L6 / methyltransferase-like protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / transferase (転移酵素) / DS421 / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization ...histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 塩基除去修復 / protein modification process / RMTs methylate histone arginines / 細胞老化 / histone binding / メチル化 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, A. / Zeng, H. / Smil, D. / Walker, J.R. / He, H. / Eram, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. ...Dong, A. / Zeng, H. / Smil, D. / Walker, J.R. / He, H. / Eram, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Crystal Structure of Human HMT1 hnRNP methyltransferase-like protein 6 in complex with compound DS-421 著者: Zeng, H. / Dong, A. / Smil, D. / Walker, J.R. / He, H. / Eram, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. / Brown, P.J. / Wu, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qpp.cif.gz | 215.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qpp.ent.gz | 169.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qpp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4hc4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42074.559 Da / 分子数: 3 / 変異: A194V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRMT1L6, PRMT6 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96LA8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 613.749 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.0 M NaForm, 0.1 M NaoAc, pH 4.6, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.52→50 Å / Num. all: 336892 / Num. obs: 41807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 6.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 4HC4 解像度: 2.52→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.379 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.496 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.1 Å2 / Biso mean: 37.597 Å2 / Biso min: 2.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20
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